許多植物的種子離開母株後，還需要經歷壹段休眠期，在此期間，即使遇到適宜的外界環境條件，也無法萌發。已經知道，任何生命力旺盛的種子，只要在適宜的環境條件下(最重要的是水、溫度、光照、氧氣)，經過休眠期，就可以進入正常萌發階段。在萌發過程中，如果外界環境條件適宜，胚胎可以成功突破其外圍組織形成幼苗，然後幼苗可以正常生長；否則發芽受阻，即使發芽，幼苗也無法正常生長。
種子在發育成熟過程中除了受到母株環境條件的影響外，還可能遇到傳播因子的作用，對種子產生良性影響(如打破原有休眠，促進萌發)或造成致命傷害。因此，除了研究休眠和萌發的生態因素外，還應從進化生態學的角度研究種子的繁殖機制，以便更好地解釋影響種子的外部效應。
由於種子植物的多樣性，種子的特性也是多樣的。除了正常種子，還有頑固種子和中間種子。三類種子成熟後，除了非休眠種子萌發外，還有部分土壤殘留形成土壤種子庫。土壤種子庫既受外部生態因子的影響，也受外部幹擾的影響，在這個過程中，它在不同的時空表現出動態變化。
可見，種子生態學是壹門比較復雜的學科，涉及的方面很多，有些已經搞清楚，有些還在攻關中。