結核病的治療原則是早期、聯合、規則、全程和適當。治療分為強化期和鞏固期。抗結核藥物應具有高效、敏感、低毒、廉價的特點。艾滋病的治療原則是對高危人群進行幹預，美沙酮維持治療可以減少新增艾滋病感染。抗病毒治療，結合藥物治療，可有效降低病毒載量，延長病毒抑制時間，同時不增加不良反應。目前已開發出24種抗HIV藥物(核苷類逆轉錄酶抑制劑、非核苷類逆轉錄酶抑制劑、蛋白酶抑制劑和融合抑制劑)。其中，幾種藥物的聯合應用已經成為常規。聯合用藥可以將病毒載量降低到現有方法檢測不到的水平，延緩發病期，恢復免疫系統功能。這些事實改變了艾滋病不能治療的觀念，標誌著艾滋病研究進入了壹個新時代。艾滋病病毒感染者和艾滋病患者合並結核病的治療非常復雜，主要表現在以下幾個方面:①抗病毒藥物和抗結核藥物之間存在相互作用，如利福平與非核苷類逆轉錄酶抑制劑和蛋白酶抑制劑的相互作用；②抗病毒治療和抗結核治療都應重視治療依從性和藥物不良反應；③聯合治療增加了患者的藥物負擔。壹般情況下，只要患者條件允許，應先治療肺結核，再治療抗病毒藥物。世界衛生組織建議，CD4計數低於200/ m3的患者應首先接受結核病治療，除非他們處於艾滋病病毒疾病的晚期或有死亡危險，並在結核病治療2個月後進行抗病毒治療。抗病毒治療的開始時間可以推遲到結核病治療的強化期完成後，以簡化治療，避免可能導致死亡的潛在炎癥反應。
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