應優先考慮疾病治療。愛人病情處於中晚期，選擇最有效的治療方案並堅持最重要。如果復旦的臨床實驗組真的能見效，能控制病情，那麽應該優先考慮在實驗組繼續治療，哪怕需要異地就醫。
對孩子的照顧也極其重要。妳應該和妳的祖父母交流。除非妳的祖父母完全無法獨自照顧妳的孩子，否則妳必須確保妳的孩子得到妥善照顧。如果沒有人照看，孩子也可以考慮帶他們去上海和愛人壹起生活。
工作和經濟問題暫時可以放在第二位。疾病治療優先，生命安全高於壹切。如果老板可以繼續遠程辦公，他可以選擇在家辦公。如果長時間不能遙控，可以申請辭職或停薪留職，待病情好轉後再擇機復工。
定期回家看看。如果妳的愛人正在上海接受治療，妳應該定期回家看望妳的孩子和家人。這樣可以緩解思念之情，也可以探視病人的治療進展，安慰家屬。定期拜訪也可以避免疏遠。
綜上所述，疾病治療和兒童保健應放在首位。與老板和家人溝通，盡量保證實驗組在上海繼續治療，同時定期上門探視，可能是目前最好的平衡方案。生命健康高於壹切，其他問題可以暫時妥協。
祝愛人早日康復！