中國徽州文化博物館館藏非常豐富，包括陶瓷、硯臺、徽墨、字畫、徽州三雕、青銅器、玉器、雜項、古籍、徽州文書等各類文物近65438萬件(卷)，其中古籍近5萬冊，契約文書近3萬份。館內特藏歙硯、徽墨、新安書畫、徽州文獻等，其中祁門宋墓出土的“文賦墨”是我國發現最早的徽墨。館藏徽州文獻成為研究國際名校徽學的重要資料，也引起了世界各地徽學專家的關註。
中國徽州文化博物館基本陳列為徽州人與徽州文化，分為走進徽州、世界徽商、徽派禮儀、徽派建築、徽派藝術、徽派科技六個部分；內容包括:新安美景、徽州與徽州人、明清徽商、徽州女人、東南鄒魯、朱成闕裏、徽州宗族、新安醫學、科技之星、文房珍寶、新安畫派、徽州版畫、徽州篆刻、徽州村落、徽州民居、徽州三雕等等。
2017，1，黃山故宮博物院徽州傳統工藝工作站、故宮博物院徽州分院、故宮博物院博士後工作站揭牌，決定不定期在我市舉辦“故宮博物院徽派工藝回鄉展”，展示故宮博物院館藏與徽州文化相關的文物。
雙方決定於2017年5月在惠州文化博物館舉辦首屆故宮博物院徽州工藝美術展。展品將以文房四寶為主，展覽將免費向公眾開放。屆時，壹批珍貴文物將與公眾見面。此外，故宮博物院將派專家定期在故宮博物院徽州分館舉辦公益講座，組織黃山非遺傳承人到故宮博物院學習觀摩。
據悉，故宮文物因其珍貴性和保存條件有限，很少“戶外”展示。此次展覽也是我市首次迎來故宮文物展覽。