首先，兩者的內涵不同:
1.新發展理念的內涵:新發展理念指明了我國在更長時期的發展思路、發展方向和發展重點，要深刻理解和準確把握其科學內涵和實踐要求。
2.科學發展觀的內涵:科學發展觀是適應新的發展要求提出的重要戰略思想。強調社會主義初級階段的基本國情，不是妄自菲薄、固步自封和落後，也不是脫離實際、急於求成，而是要堅持把它作為推進改革、謀劃發展的根本依據。
第二，兩者的本質不同:
1.新發展理念的精髓:用新發展理念統壹思想和行動，努力提高統籌落實新發展理念的能力和水平，立即調整對新發展理念不適應、不恰當甚至違背的認識，堅決糾正不適應、不恰當甚至違背新發展理念的行為，徹底摒棄不適應、不恰當甚至違背新發展理念的做法。
2.科學發展觀的實質:科學發展觀是以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，立足於社會主義初級階段的基本國情，總結我國發展實踐，借鑒國外發展經驗，適應我國發展要求，提出的科學發展觀這壹重大戰略思想。
第三，兩者的核心不同:
1，新發展理念的核心:新發展理念的核心是創新、協調、綠色、開放、享受。
2.科學發展觀的核心:科學發展觀的核心是以人為本。
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