滅菌是指在壹定範圍內用物理或化學方法殺滅物料和容器中的所有微生物，包括營養體和休眠微生物，使物料無菌，是壹種徹底的滅菌方法。消毒是指用物理或化學方法殺滅或去除基質、物體表面和環境中的某些微生物，是壹種不完全的滅菌方法。
在食用菌的生產和科研中，主要采用物理、化學和生物方法來達到消毒或滅菌的效果，其中以物理和化學方法最為常見。物理方法有熱力殺菌、輻射殺菌、通過名種的pH範圍、用名種的pH範圍過濾殺菌。在應用中，培養基、工作服等。通常用高壓蒸汽滅菌，金屬接種工具用灼燒滅菌，玻璃器皿用幹熱滅菌。對於壹些耐高溫、體積大的物品，也可以用紫外線進行輻射滅菌。對於熱不穩定的生化試劑，如細菌制劑和維生素水溶液，過濾用於滅菌。
化學消毒和滅菌。主要使用酚、醇、酸、堿、重金屬、氧化還原劑、表面活性劑、染料等化學物質。用化學藥品浸泡器具和工具，並對環境進行噴灑和熏蒸，以達到消毒的目的。
生物滅菌或消毒是利用生物抑制或殺滅有害微生物的方法，生物制劑也可用於抑制或殺滅微生物。