發酵是啤酒生產的重要環節。將滅菌的麥芽汁充氧，接種啤酒酵母，然後送入發酵罐。前期酵母迅速增殖，糖分降低，酒精濃度逐漸升高，泡沫增多。當含糖量下降到壹定程度時，發酵結束，最後分別輸出有形物質和啤酒。
酵母在有氧條件下進行有氧呼吸，在無氧條件下進行無氧呼吸。在有氧條件下，酵母可以通過出芽繁殖大量繁殖，種群數量迅速增加。在厭氧條件下，它能分解糖類產生酒精，釋放的能量大部分儲存在發酵產物中，極少部分用於自身的生長發育。
發酵中的註意事項:
釀造果酒時，選用的菌種是酵母；制作果醋時，微生物為醋酸菌；制作腐乳時，主要使用毛黴；制作泡菜時，主要使用乳酸菌；釀造果酒時，酵母進行酒精發酵產生酒精和CO2，乳酸菌的代謝類型為異養厭氧。
果酒的生產離不開酵母。在自然發酵過程中，菌種來源為葡萄皮上的野生酵母，酒精發酵的溫度壹般控制在18-25攝氏度。泡菜生產中的乳酸發酵過程是乳酸菌厭氧呼吸的過程；生產過程中影響亞硝酸鹽含量的因素有溫度、食鹽用量、腌制時間等。
毛黴是制作腐乳的主要微生物，這種微生物產生的酶主要有蛋白酶和脂肪酶。蛋白酶將蛋白質分解成小分子肽和氨基酸，脂肪酶將脂肪分解成甘油和脂肪酸。制作腐乳過程中加鹽的目的是抑制其他微生物的生長，風味或塑造腐乳。