首先，他們的研究對象不同。動物醫學主要研究家畜、寵物等非人類動物的疾病預防、診斷和治療，而畜牧獸醫更註重畜牧生產中的動物健康管理，包括繁殖、飼養、營養、疾病預防等。
其次，他們的課程設置也不同。動物醫學專業的課程主要包括解剖學、生理學、病理學、藥理學、臨床診斷學等基礎醫學課程，以及內科、外科、產科、感染性疾病等臨床醫學課程。畜牧獸醫專業的課程更側重於動物生產管理，如動物繁殖學、動物營養學、飼料學、獸醫學等。
另外，他們的就業方向也不壹樣。動物醫學專業的畢業生可以在獸醫診所、寵物醫院、動物保護組織、藥物研發公司等機構工作，也可以選擇繼續深造，成為研究人員或教師。畜牧獸醫專業的畢業生更多的是在農場、養殖場、飼料公司從事動物生產管理工作。
總的來說，動物醫學和畜牧獸醫專業都是關註動物健康的，只是研究重點和應用領域不同。選擇哪個專業取決於個人興趣和職業規劃。