在抓好德育，培育良好校風、學風的同時，學校堅持以教學為中心，大力推進素質教育，開展了以改革課堂教學結構為重點的教學改革，提高課堂教學效果，面向全體學生，面向學生的全面發展，努力完成素質教育提出的學會做人、學會學習、學會審美、學會健體等目標。並且建立了壹套實施素質教育的管理和評價機制。
學校還大力開辟第二課堂，建立了許多興趣小組，學科競賽中，高中獲全國數、理、化江西賽區壹、二、三等獎15人次，初中獲全國數、理、化比賽江西賽區19人次。學校體育項目、文藝節目、書法美術攝影作品、小發明創造多次在全縣、全區獲獎。學生“盱笛”文學社成績斐然，1997年被評為“全國中學生優秀文學社團”。連續三年來，南城二中的教育教學質量和辦學效益在全區高（完）中教育教學評估中，名列全區34所高（完）中前十強，作為壹所普通中學，達到了全區重點中學中上遊水平。1997年被省教委確定為高中課改試驗樣本校。