人類在古代就知道發酵。古埃及人數千年前就會生產面包和奶酪。我們的祖先在3000年前就掌握了釀酒技術。不論是制作面包、奶酪，還是釀酒，都有壹個不可缺少的過程——發酵。但是，古人不知道這發酵是怎麽回事。他們不知道發酵是酶的作用，更不知道酶是由微生物產生的。所以古希臘人把發酵說成是“沸騰”，實在是壹個糊塗概念。而我們祖先所稱的“發酵”則要科學得多。
發酵工程，又叫微生物工程。它是利用微生物所特有的發酵作用，與現代工程技術相結合，或直接用微生物反應器，進行大規模的發酵生產。發酵產物既可以是微生物本身(單細胞蛋白)，也可以是發酵過程的代謝產物。
現代發酵工程與傳統的發酵工藝操作不同，它有如下優越性：它可以進行連續發酵和半連續發酵；有電腦控制實行高度的自動化；采用經過基因重組的工程菌生產；可以在45℃左右加壓生產。而傳統的發酵工藝是間歇發酵，人工操作，用的是天然菌種，只能在常溫常壓下進行。
正因為發酵工程有如此多的優點，受到各國的重視也就很自然了。國際微生物學會聯合國咨詢委員會主席海登這樣告訴人們：“微生物工程可能成為壹股引起工業結構調整和社會結構改革的力量。”此話不假。