典型病變為感染區表皮細胞增生形成的丘疹，直徑2 ~ 8 mm，單發或多發，圓形或半球形，蠟樣光澤，中央臍凹，幹酪樣栓子。丘疹呈肉色或粉紅色。剛開始質地比較硬，成熟後就變軟了，可以擠出奶酪壹樣的東西。臨床可分為兩種類型:
(1)兒童型:通過皮膚直接接觸或傳染媒介感染，面部、軀幹、四肢有軟疣。
②成人型:可通過性傳播。軟疣多見於外生殖器、臀部、小腹、恥骨、大腿內側區，肛交發生在肛門。林奇報告了55例這樣的案例，這些士兵從越南和朝鮮返回美國，他們在那個國家有嫖娼的歷史。
皮損可發生於除手掌、足底以外的任何接觸部位，也可出現於唇、舌及頰粘膜、結膜等。結膜病變可伴有反應性結膜炎或角膜炎。少數病變極其巨大，稱為巨大軟疣，有的可角化成小皮角狀，稱為角化軟疣。壹般沒有癥狀。
在HIV感染病例中，傳染性軟疣的發生率增加，軟疣傳播範圍廣，危害大。據報道，艾滋病患者面部有巨大的軟疣，容易與基底細胞上皮瘤相混淆。此外，據報道，兩例廣泛急性軟疣患者和數百例軟疣患者有接受免疫抑制劑潑尼松龍和甲氨蝶呤的歷史，並認為其發病與其免疫抑制有關。
該病具有自限性，通常持續數月至數年。