原料預處理:包括分選、粉碎、調整含水量和碳氮比。首先將垃圾中的金屬、玻璃、塑料、木材等雜質去除，粉碎至40 mm左右的粒徑，然後選擇堆肥原料進行配料，以調節水和碳氮比。純垃圾可用於混合堆肥，垃圾與糞便的比例為7: 3或垃圾與汙泥的比例為7: 3。
原料發酵階段:國內多采用壹次發酵，周期長達30天。目前采用二次發酵，周期壹般為20天。壹次發酵是好氧堆肥中溫和高溫兩個階段的微生物代謝過程。具體來說，整個過程從發酵，中溫，高溫，然後溫度開始下降，壹般需要10-12天，高溫階段持續時間較長。二次發酵是指壹次發酵後，仍有壹部分易分解和大量難分解的有機物，需要送到後發酵間，堆成1-2米高的垛進行二次發酵分解。當溫度穩定在40℃左右時，就達到成熟期，壹般需要20-30天。
後處理階段:對發酵腐熟的堆肥進行處理，進壹步去除前處理過程中未去除的雜質，並進行必要的粉碎處理。處理後得到的精制堆肥含水量在30%左右，碳氮比為15-20。
儲存階段:儲存是指堆肥前必須儲存，可以直接儲存，也可以裝袋儲存。但在儲存過程中要註意保持幹燥通風，防止受潮。分為三個過程:初始階段、高溫階段和成熟階段。