1.培養時間太長，壹般膜過濾法需要3-5天，要看微生物的種類，比較耗時。
2.壹般法規和行業標準都會固定培養基配方、培養時間、溫度等參數，這必然不能適用於所有微生物種群，導致部分微生物無法培養從而漏檢的可能。
3.有些微生物如(VBNC)是壹種特殊的微生物，不能用常規方法培養。休眠孢子不能用正常方法培養。
4.膜過濾法以菌落數為計數單位，但菌落是壹個相對的概念，不能直接反映微生物的實際數量。
5.膜過濾是離線培養方式，涉及取樣等諸多人工操作，汙染風險大，假陽性結果風險也高。
梅特勒-托利多在線微生物分析儀利用激光誘導熒光的檢測原理對微生物進行在線監測，可以準確檢測每種微生物，無需消耗試劑和培養物即可實時讀取數據。在線安裝可以消除取樣汙染，降低風險。