當身體抵抗力下降時，病原體(主要是細菌)就會侵入扁桃體，引起扁桃體發炎。孩子的癥狀是喉嚨痛，頭痛，發燒，疲勞，四肢酸痛。扁桃體炎如果頻繁反復發作，會轉化為慢性扁桃體炎，容易引起全身感染，如心肌炎、腎炎、類風濕性關節炎等。扁桃體炎成為全身性疾病的“罪魁禍首”。
6歲以下兒童的扁桃體具有重要的生理功能。任意切除會降低機體免疫力，壹般不做手術。當扁桃體發炎經常影響呼吸和發音，或者兒童的身體發育明顯受到扁桃體發炎的影響時；或者扁桃體並不總是發炎，但每次發作都與風濕性關節炎、心臟病、腎炎密切相關，且扁桃體上有腫瘤、結石時，應考慮手術切除。