本辦法所稱畜禽養殖者，是指在現有畜禽數量未達到本辦法第十條規定的規模標準時，從事經營性畜禽養殖活動的單位和個人。畜禽養殖者的具體認定標準由縣(市、區)人民政府確定。第三條畜禽養殖場(養殖小區)和養殖戶應當承擔畜禽養殖汙染防治的主體責任，履行國家和省規定的畜禽養殖汙染防治義務，並依法接受有關主管部門的監督檢查。第四條縣級以上人民政府應當加強對畜禽養殖汙染防治的組織領導，制定和完善畜禽養殖廢棄物汙染防治和綜合利用的配套政策，加大資金投入，督促生態環境、農業農村等有關部門依法履行職責。
鄉(鎮)人民政府應當按照職責做好畜禽養殖汙染防治工作，並協助生態環境、農業農村等有關部門落實畜禽養殖汙染防治工作。第五條生態環境主管部門負責畜禽養殖汙染防治的統壹監督管理。
縣級以上人民政府農業農村主管部門負責畜牧業監督管理和畜禽養殖汙染防治工作。
縣級以上人民政府發展改革、經濟和信息化、財政、自然資源、林業、水利、科技等主管部門應當按照各自職責，做好畜禽養殖汙染防治工作。第六條村民自治組織可以制定並實施有關畜禽養殖廢棄物處理的村規民約，向村民開展畜禽養殖汙染防治的宣傳教育。畜禽養殖汙染環境的，應當及時制止，並向生態環境主管部門報告。
畜禽養殖協會應當加強畜禽養殖汙染防治的行業自律和誠信建設，預防和減少畜禽養殖汙染環境行為。第七條農業農村和生態環境主管部門應當按照《畜禽養殖汙染防治條例》規定的程序和要求，組織編制畜牧業發展規劃和畜禽養殖汙染防治規劃，科學確定畜禽養殖品種、規模和總量，落實畜禽養殖汙染區域控制和汙染物排放總量控制要求，並及時修訂完善。第八條設區的市、縣(市、區)人民政府應當根據法律法規和相關技術規範的要求，組織劃定禁止養殖區域，並向社會公布。第九條禁止養殖區內不得有從事畜禽養殖活動的畜禽養殖場(養殖小區)和養殖戶；現有畜禽養殖場(養殖小區)和養殖戶由設區的市、縣(市、區)人民政府限期轉崗、搬遷、關閉；造成經濟損失的，應當依法賠償。第十條畜禽養殖場(養殖小區)規模認定標準按照國家有關規定執行。第十壹條新建、改建、擴建畜禽養殖場(養殖小區)應當符合畜牧業發展規劃和畜禽養殖汙染防治規劃，並按照國家和省的有關規定進行環境影響評價。
環境影響報告書(登記表)應當根據養殖規模和汙染防治需要，提出畜禽養殖汙染防治方案和措施，明確是否自行建設汙染防治設施(含綜合利用和無害化處理設施，下同)，是否委托從事廢棄物綜合利用和無害化處理服務的單位代為處置；利用土地吸收畜禽養殖廢棄物的，應當明確需要配套的土地面積。
環境影響報告書確定畜禽養殖廢棄物綜合利用的，生態環境主管部門應當將其批準決定抄送農業農村主管部門；農業農村主管部門應當加強對相關設施建設、運營和綜合利用的指導和服務。第十二條畜禽養殖場(養殖小區)建設汙染防治設施，應當與主體工程同時設計、同時施工、同時投入使用。汙染防治設施應當符合經批準的環境影響報告書或者經登記的環境影響登記表的要求，不得擅自拆除或者閑置。
建設汙染防治設施的畜禽養殖場(養殖小區)應當建立相關設施運行管理臺賬。臺賬應當載明設施的運行維護以及相應汙染物的產生、排放和綜合利用情況。
畜禽養殖場(養殖小區)向環境排放經處理的畜禽養殖廢棄物，應當符合國家和省規定的汙染物排放標準和汙染物排放總量控制指標。第十三條畜禽養殖場(養殖小區)可以使用自有的耕地、園地、林地等。就近消費利用畜禽養殖廢棄物，也可以與養殖種植經營者(基地、合作社)簽訂消費協議，進行異地消費利用。具體消耗分配參數由各縣(市、區)農業農村主管部門根據當地耕地(森林)消耗能力和區域環境容量確定並公布。
用作肥料的畜禽廢棄物應當與土地的吸收能力相適應，並采取有效措施消滅可能引起傳染病的微生物。肥料的用量不應超過作物生長所需的養分量。
農田、花園、林地等。用於處置畜禽養殖廢棄物的，應當按照省有關要求配備儲罐、管道、灌溉設施等設施設備，並保證其正常運行。