1.對內部審計實施的理解存在偏差。在傳統的計劃經濟體制下，無論是各級政府的領導，還是部門和單位的領導，大都認為行政事業單位沒有生產職能，沒有成本核算，財務只是本部門或單位內部壹些收支活動的會計活動，沒有必要進行內部審計。雖然這種認識隨著社會主義市場經濟的發展而發生了變化，但近年來，許多行政事業單位的領導在開展內部審計時產生了新的偏差。他們認為，近年來財政部門實行預算外資金和罰沒收入收支兩條線管理，行政事業單位編制部門預算，資金由國庫集中支付，物資由政府采購。行政事業單位不再需要進行內部審計。有些領導把內部審計等同於紀檢監察，他們已經認識到內部審計的功能和作用。這些錯誤觀念嚴重阻礙了行政事業單位內部審計工作的發展。
2.內部審計機構設置不到位。內部審計機構是在單位內部設立的履行獨立檢查職能的部門。其任務是檢查和評價本單位各項經濟業務活動的內容是否符合國家有關財經法規。內部審計應當對其所檢查的經濟業務活動進行分析、評價、建議和咨詢，其基本要求是內部審計應當獨立。沒有獨立的內部審計機構，很難開展內部審計工作。目前，行政事業單位內部審計機構的設置如下:少數行政部門設立了相對獨立的內部審計機構；雖然大部分行政部門也設立了內部審計機構，但基本上沒有配備相應的審計人員，而是和財政部門在壹個隊伍裏。壹些行政部門雖然配備了審計人員，但沒有相應的獨立審計機構。比如，有的單位把內部審計機構放在監察室或者紀委下面，這與內部審計機構的獨立性相去甚遠。事業單位基本沒有獨立的審計機構，只有少數省級以上的大型事業單位有不完善的內部審計機構。
3.內部審計的領導層級不明確，內部審計的權威性、獨立性和有效性有限。內部審計工作的性質和特點決定了領導級別越高，內部審計的權威性、獨立性和有效性就越有保障。但縱觀目前我國行政事業單位內部審計工作的領導層級，不難發現，行政事業單位內部審計工作很大壹部分是由主管財務的人負責，少數行政事業單位是由紀檢書記負責，甚至有的行政事業單位是由財務部門負責。內部審計是部門和單位實施內部監督，依法檢查會計賬目和相關資產，監督財務收支真實合法效益的活動。如果財務負責人分管審計，顯然內部審計監督基本很難真正發揮作用；如果分管紀檢監察的領導分管審計，由於分管紀檢監察的領導壹般不會過問人財物管理，壹般很難完成內部審計的主要任務；如果由財務總監負責內部審計，那麽在實施內部審計時就很難達到獨立審計的要求，這樣的監督只能流於形式。
4.內審工作定位不準，目標跟不上時代。行政事業單位內部審計工作應緊緊圍繞本部門、本單位的工作中心，在服從和服務於本部門、本單位總體目標的前提下適時開展。然而，在實際工作中，壹些行政事業單位的內部審計往往不能根據本部門、本單位總體工作目標的變化及時調整工作目標，導致審計目標偏離本部門、本單位的總體目標，從而削弱了內部審計的工作效果。雖然壹些行政事業單位也制定了壹些內部審計目標，但在實際工作中，忽視了內部審計運行管理中責、權、利相統壹的原則，沒有對審計目標進行科學分解。在此前提下，補充了有效的激勵機制和責任制度。甚至有少數行政事業單位為了按照領導的意圖整頓本部門、本單位的開支，應付財政、審計、稅務等部門的監督檢查，對內部審計工作進行定位。內部審計人員的積極性和創造性往往得不到充分發揮，內部審計工作往往處於例行公事的局面，影響審計目標的實現，導致內部審計結果不盡人意。
5.內部審計人員的素質不能滿足內部審計的要求。內部審計是壹項專業技術工作，要求內部審計人員具有較高的政治素質和良好的專業知識，即現任內部審計人員不僅要掌握審計和財務方面的知識，還要掌握經濟學等方面的知識。但目前從數量上看，內部審計人員還不能滿足我國行政事業單位的需要。從結構上看，壹方面，內部審計人員年齡結構不合理，大部分是大齡財務人員。另壹方面，內部審計人員大多是長期從事會計或紀檢監察工作的轉崗或兼職人員。這些人員雖然具有壹定的會計知識和經驗或紀檢監察工作經驗，但卻不能勝任審計工作，這支隊伍並不穩定。對於審計人員本身來說，有的安於現狀，有的對內部審計工作不滿意，不能及時更新知識，豐富審計知識。它嚴重降低了內部審計工作的質量，削弱了內部審計工作的強度。
6.內部審計的內容過於簡單，不適應新形勢的要求。目前，許多行政事業單位的內部審計工作僅限於開展財務收支審計，糾正違紀行為，落實審計的事後監督職能。但是，隨著社會主義市場經濟的進壹步發展和社會改革的深化，行政事業單位改革進程的加快，必將對行政事業單位內部審計工作提出新的要求；同時，由於行政事業單位財務會計電算化的普及和會計人員素質的提高，會計處理的錯誤會越來越少，這也對行政事業單位內部審計提出了更高的要求。單壹的財務收支審計已經不能適應不斷發展的新形勢的要求，內部審計必須不斷拓寬自身的工作內容，以適應現代行政事業單位內部審計的要求。
7.制度不完善導致審計意見和審計建議難以落實。在國家現行頒布的行政事業單位內部審計法律法規中，相對於社會審計和國家審計，國家審計機關除了部分行業部門制定的內部審計規定外，並未制定詳細的行政事業單位內部審計準則和實施細則。這種法律法規的滯後性導致行政事業單位內部審計人員在實施具體審計工作時缺乏規則可循。出具的審計意見和審計建議不具有法律強制性，基本上帶有濃厚的“人治”色彩。因此，在執行審計意見和審計建設的過程中，往往會遇到被執行部門的阻力，難以有效執行審計意見和建議。
8.壹些行政事業單位內部審計工作不規範。與政府審計和註冊會計師審計相比，我國行政事業單位內部審計具有更大的靈活性，但沒有制定方圓的規則。內部審計作為壹種內部財務監督，必須按照規範的程序進行。雖然很多行政事業單位特別是壹些行業主管根據審計法規，結合自身實際情況，開展了壹些內部審計工作，但不難發現，大多數行政事業單位的內部審計屬於會計導向型審計，主要檢查本部門、本單位的會計記錄是否正確，是否存在因疏忽造成的差錯，資產是否安全完整，計劃是否完成，政策是否得到遵守。這種會計導向的內部審計在目前開展的行政事業單位內部審計工作中是比較好的。在壹些行政事業單位，內部審計工作基本上是按照領導的意圖隨意進行的，既沒有按照壹定的程序進行，也沒有按照規則進行操作，因此內部審計工作往往處於壹種無序的狀態，如超出職責範圍進行審計、操作程序違反規定、審計方法和手段不當等。，這不僅影響了審計的效率和效果，而且還伴隨著較大的審計風險。
二、解決當前內部審計工作中存在問題的主要措施
1.通過綜合手段提高對內部審計的認識。行政事業單位內部審計作為行政事業單位的經濟監督活動，只能加強。要把審計與加強內部經濟監督管理聯系起來。通過各種媒體宣傳、行政派遣、政府審計、財務監督等手段，提高行政事業單位領導、職工、財務人員和從事內部審計工作人員的認識，只有提高認識，才能不斷拓寬行政事業單位內部審計的途徑，更好地發揮內部審計為我部門、單位中心工作保駕護航、服務的作用。
2.建立和完善獨立的內部審計機構。行政事業單位特別是行政部門建立獨立的內部審計機構，是做好本系統內部審計的基本保證。行政事業單位機構改革時，不能強制要求所有行政事業單位都要設立內部審計機構，但各行業行政部門都要設立獨立的內部審計機構。如果行業主管部門沒有獨立的內部審計機構，將不利於內部審計工作的正常開展。行業行政主管部門內部審計部門的獨立性應強調相對於其他職能部門的獨立性。特別是要求與財務、紀檢監察部門分開，不能有行政隸屬關系。內部審計機構應當在單位主要負責人的直接領導下，獨立行使內部審計職能，對單位主要領導負責並報告工作。
3.正確定位內審工作的立足點，進壹步理清內審工作的思路。行政事業單位內部審計工作必須立足於當好部門或單位領導決策的參謀助手，促進部門和單位加強內部管理，規範財務收支行為，提高社會效益和經濟效益。根據這壹定位，衡量內部審計工作成效的標準應該主要看其在定位點上發揮作用的程度如何，而不是簡單地看違規違紀多少、違規金額多少。行政事業單位要做好內部審計工作，必須堅持解放思想，實事求是，壹切從實際出發，把思想從傳統計劃經濟的束縛中解放出來，用市場經濟的眼光去觀察、分析和處理審計工作中發現的問題。及時向本部門、本單位領導提出決策依據和可行性建議，服務於領導決策，服務於監督。在具體的審計工作中，要對審計中發現的問題，在弄清事實的基礎上，分析原因和後果，在幫助的基礎上，使其改正或找出妥善的解決辦法，妥善處理並提出建議。正確處理監督與服務的關系，既不能只講監督不講服務，也不能只講服務不講監督，更不能把兩者對立起來，而是要統壹起來。
4.建立健全內部審計規章制度，做到按章開展內部審計。堅持依法審計是提高行政事業單位內部審計水平的重要保證。因此，行政事業單位內部審計機構必須依據國家審計法律法規和國家財經法規建立內部審計規章制度，按照內部審計規範規定的程序、方法和內容開展各項審計工作，實現內部審計工作的法制化、制度化和規範化。要實現這壹目標，首先，內部審計機構和人員要加強學習培訓，熟練掌握相關法律法規和內部審計規範；其次，要建立健全內部審計的控制體系、激勵機制和責任體系，規範內部審計機構和人員的行為，克服工作的隨意性和盲目性，切實維護內部審計工作的嚴肅性。
5.不斷改進工作方法和手段，提高內部審計質量。通過實施“三個結合”，不斷改革內部審計的工作方法和手段:壹是事前審計與事中、事後審計相結合，把審計監督的關口前移，把問題解決在萌芽或初始階段；二是微觀審計要與宏觀控制相結合，從宏觀控制和宏觀管理的要求出發安排審計項目，在審計了若幹具體項目後，綜合分析，找出同性或傾向性問題及其原因，提出有針對性的意見和建議加以解決，為領導決策提供依據，為規範單位財務收支行為建言獻策；第三，對審計中發現的問題，采取治標與治本相結合的方式處理。對審計中發現的問題要妥善處理，並深刻分析原因。應該從幫助建立健全各項規章制度和內部控制制度，加強管理工作等方面，從根本上解決它們，使之不再發生。
6.加強審計隊伍建設，不斷提高內部審計人員的綜合素質。按照建設壹支政治強、作風硬、品德好、業務精的內部審計隊伍的目標，通過加強政治思想工作、組織學習培訓、開展審計理論與實務討論、不斷總結內部審計工作實踐經驗等方式，大力加強審計隊伍的思想作風和業務建設，不斷提高審計人員的政治思想素質、業務水平和工作能力，以適應新形勢下行政事業單位內部審計工作的更高要求。具體應從以下四個方面入手:壹是從實際出發，因地制宜制定和完善行政事業單位內部審計人員管理辦法，妥善解決其激勵和待遇問題，充分調動內部審計人員的積極性；二是嚴格控制行政事業單位內部審計人員的入口質量，把那些政治業務素質高、責任心強、事業心強、清正廉潔的同誌調整到內部審計崗位；三是做好行政事業單位內部審計人員的培訓工作，像財務人員壹樣實行持證上崗和後續教育培訓制度，加強在職培訓，不斷更新內部審計人員的知識內容，增強其專業技能，切實提高其綜合業務素質；第四，要明確審計人員的職責，嚴格審計紀律。審計部門是監督部門，這就決定了審計隊伍的素質要更高，審計紀律要更嚴。