(壹)評估範圍過窄，缺乏對無形資產和人力資本的計量。
在知識經濟的環境下，企業的發展越來越依賴於無形資產和人力資本，企業在這方面的投資也有相應的上升趨勢。無形資產和人力資本在企業競爭優勢和核心競爭力的形成和保持以及企業戰略經營目標的實現中發揮著越來越重要的作用。雖然人力資本的計量是不確定的，但如果采用壹定的模型和方法，是可以計量的。由於人力資本的價值難以計量，將其排除在企業績效評價體系之外，顯然不符合現代企業的要求。但是，現行的績效評價體系忽視了對無形資產的評價，容易造成企業忽視對人力資源、研發的投入，使企業難以實現長期發展目標。
(二)指標體系不完善
首先，財務指標比重過大。現行企業績效評價方法中使用的大部分指標是財務指標，只有少數評價指標是非財務指標，這使得評價體系難以全面、真實地反映企業績效。現行企業業績評價體系中的8個基本指標和16個修正指標都是財務指標，只有8個定性指標是非財務指標。過度使用財務指標有以下弊端:壹是財務指標更多地受到會計政策選擇的影響，難以在企業業績評價中全面真實地反映客觀現實。第二，財務指標往往只關註短期結果。如果過分關註財務指標，會導致對企業的錯誤引導，導致企業只關註短期效果而忽視長期行為，這與我國目前倡導的可持續發展是相悖的。因此，企業可能通過改善基本的經營活動來獲得理想的財務數據，而忽視科技創新、市場開發與推廣、員工培訓等活動，為了短期利益而損害企業的長期利益，這必然會對企業未來的發展產生嚴重的影響。
其次，非財務指標不完善。在現行的績效評價方法中，非財務指標都是評價指標，沒有給出衡量方法，具有主觀性和隨意性。企業領導的基本素質、產品市場占有率、服務滿意度、基礎管理水平、在職員工素質、技術裝備更新水平、服務硬環境、行業或區域影響力、企業業務發展戰略、長期發展能力預測等非財務指標都無法量化，只能通過定性分析得出結果。定性分析基於人的經驗而非客觀數據，難以擺脫“主觀”的帽子，缺乏可信度。
第三，它忽略了外界的評價。國有資本績效評價體系的設計註重企業內部的評價，而不註重企業與外部利益相關者的關系，註重對單個企業或單個職能部門的評價，較少關註其部門目標的實現對其他部門或供應鏈其他成員的影響。在當今的供應鏈管理理論下，供應商、分銷商、零售商和第三方物流公司都是企業利益整合的戰略夥伴，對企業管理效益起著至關重要的作用，因此我們應該制定相關的外部環境指標。而且，市場化的競爭環境也要求企業績效評價體系的設計必須充分考慮企業在競爭中的市場份額和相對地位。
(三)權重設置不夠合理
現行的企業績效評價體系在權重設計中遵循傳統的專家意見法(德爾菲法)來確定各指標的固定權重。事實上，權重越主觀，評價結果的客觀性越差，難以準確反映真實的經濟狀況。權重設計應充分考慮企業績效評價主體的具體要求。績效評價的主體包括不同的利益相關者，如國家管理機構、資產所有者、主要利益相關者和企業本身。不同的利益相關者對企業財務狀況的關註點明顯不同，因此各指標的相對重要性也不同。在績效評估中使用固定權重不能滿足所有利益相關者的實際需求。此外，在設計固定權重時，指標體系未能考慮行業和企業經營環境的差異。不同行業或不同經營環境的利潤水平不同，合理的償債指標和利潤率也不同，因此亂用不能滿足績效評價的實際需要。作為壹個完整的體系，企業績效評價體系的指標既要滿足國家管理當局的宏觀調控需要，又要有利於債權人對企業的客觀評價，以及企業的自我評價和考核。但是這些利益相關者對企業財務狀況的關註程度不同，因此這種評價體系的固定權重值已經不能滿足績效評價的實際需要。
(四)評價結果不能發揮應有的作用
目前，我國企業績效評價結果的應用還處於探索和實施階段，評價結果尚未發揮應有的作用。主要表現為:壹是評價結果未與獎懲和幹部任免掛鉤，其約束和激勵功能不能充分發揮，主要是沒有相應的政策和制度保障措施，地方政府的重視和支持力度不夠。二是在壹些行業中，評價結果不能反映企業的實際情況，壹些行業尤其是壹些壟斷行業依靠行業的特殊性而不是自身的努力來獲得良好的評價結果；相反，壹些企業通過自身的努力，績效明顯提高，但評價結果並不理想。這種情況是影響績效評價結果應用的另壹個重要原因。
總之，我國現有的企業業績評價體系在評價範圍、指標內容設置和評價流程等方面存在壹定缺陷，難以對新經濟環境下的企業業績做出全面評價，不利於企業競爭力的形成和保持以及長期經營目標的實現。為了更好地適應新商業環境下企業績效評價和管理的要求，進壹步完善企業績效評價體系勢在必行。