預算執行審計受傳統思想的制約，認為預算執行審計年年進行，查不出對錯。即使能查出壹些大問題，由於種種原因，也是小事壹樁，所以思想上有疲勞感，被審計單位也認為每年審計產生了壹種抵觸情緒，壹定程度上影響了審計質量。審計人員在本級預算執行審計中的目標是什麽、應發揮什麽作用不明確，工作缺乏思路。因此造成機械地參照上級執行，或者延續財政收支審計的方式，重點放在財政部門本身的違規上，導致“同行評議”失去了應有的作用，同時在審計方法上，審計人員基本上是被動的按照以往的工作經驗，沒有站在壹個全新的高度去認識預算執行的審計，沒有長遠的工作思路和目標，年度工作重點不夠突出，缺乏創新。預算執行審計定位不清。預算執行審計局僅限於審計財政部門和地稅部門，審計財政資金是否及時足額撥付，有無擠占、挪用。只關註財政資金的合規性審計，對預算編制情況和資金使用效率不太關註。審計報告沒有充分反映預算管理體系中的深層次問題。反映問題時，要麽羅列壹大堆現象，要麽就事論事，缺乏可操作性的意見和建議。財務審計在加強預算監督和財務管理方面沒有充分發揮作用，審計水平有待提高。
稅務部門的審計深度不夠。
稅收征管審計是預算執行審計的重要組成部分。過去稅收征管審計只是審核地稅部門提供的賬簿和憑證，核對企業的納稅申報資料。由於人手不足，時間緊，審計人員沒有深入納稅企業對企業的財務賬簿進行審計。即使在審計中發現疑點，由於審計部門權限的限制，審計人員也無法延伸到企業尤其是部分民營企業的審計，無法發現企業納稅中更深層次的問題。另外，地方稅很大壹部分是通過國稅部門征收的，比如25%的地方增值稅，2002年以後成立的企業的企業所得稅，城建稅，增值稅附加的教育費附加。由於國稅部門由中央垂直管理，地方審計機關沒有權力審計，無法監督這些稅收的真實性和合法性。
審計手段單壹，審計人員不能滿足審計工作的需要，缺乏創新。
在預算執行審計中，計算機輔助審計的應用水平不高，大部分地方審計機關停留在手工翻書階段。這部分是由於財務部門業務數據量大，且缺乏統壹的財務軟件，當地審計人員對大型數據庫缺乏了解，無法將數據轉換成審計所需的形式；另壹方面，與審計人員的知識水平和綜合素質跟不上金融體制改革的步伐，害怕使用計算機輔助審計也有很大關系。