1.壹些大宗藥材的栽培品種大多也存在幾類混雜退化問題。比如中國的梔子品種有六種類型，麥冬是由三種類型組成的混合類群，全國各地產的薏苡品種也很多。
2.中藥材科研育種薄弱，選育出的優良品種少。這與藥材的栽培和引種歷史較短有關。同時，藥用植物多為多年生植物，選育品種要兼顧藥用有效成分、外觀等因素，給育種工作帶來很大難度。
3.大多數藥用種子種苗的生產仍處於半原始的自然采集狀態，沒有完善的種子生產基地和嚴格的種子生產技術。種子生產只是藥材生產的副產品。
4.藥用種子的包裝和加工基本沒有挑選、包衣等規範；銷售也非常混亂，假冒偽劣種子屢見不鮮，虛假廣告和信息比比皆是:管理非常不力，藥用種子和種子質量監督檢驗管理機構沒有專門的質量標準。
總之，在種子產業化的五大部分中，藥用種子只在良種引進、生產和育種方面做了壹點工作，其他方面很少涉及，藥用種子的產業化程度還很低。
藥材種子和種苗存在的問題引起了國家有關部門的高度重視。國家重點項目“常用中藥材品種整理與質量研究”經過多次地方和全國中藥材資源調查，基本弄清了大部分中藥材特別是常用中藥材的來源。但是在實際應用中仍然存在很多問題。針對藥材種子存在的問題，國家中醫藥管理局在1998立項——在中國醫學科學院藥用植物研究所建立普通中藥材原種場；65438-0999，國家自然科學基金委立項“常用中藥材種質資源優化”項目。九五期間，在“建立優質中藥材標準化生產技術體系”項目中，首先要解決的問題是“種子和繁殖材料要達到純度和發芽率的要求或標準”，即“研究建立符合GAP的中藥材種植規範”。“十五”期間，科技部設立了中藥材種子質量標準研究。
這將極大地促進培育優良中藥材品種的發展；壹些有遠見、有經濟實力的企業也開始與科研單位聯合，發揮各自優勢，從事藥材優良品種的選育和生產，這也有利於種子選育、繁殖、推廣壹體化和藥用種子的改良。