1、用藥理論：在用藥理論方面，中藥依托於中醫基礎理論和辨證思維方式，而西藥依托於現代西醫學的生理病理思維方式。相對來說，西醫學的思維方式更容易被理解、接受，而中醫的理論和思維方式相對抽象、復雜，晦澀難懂。以感冒為例，西醫認為是上呼吸道感染，可以具體到感染部位、感染微生物種類以及感染嚴重程度等，上述情況清楚之後，用藥的選擇就相對簡單。而中醫把感冒分為風寒感冒、風熱感冒、暑濕感冒、氣虛感冒、陰虛感冒等多個證型，每個證型又因為具體癥狀的不同，又可以選擇多個不同的治療方案，很少出現壹病對壹藥的情況，用藥選擇比較復雜；
2、藥理研究：在藥理研究方面，比如藥物的吸收及代謝過程、藥物有效成分、有效血藥濃度等諸多方面，西藥更明確壹些，而大部分中藥這方面都不夠明確，用藥壹般來自長久以來總結的臨床經驗。西藥的優點是用藥清晰，中藥的缺點是用藥雖然也有依據，但在具體細節上不夠清楚；
3、藥物效果：對於不同的疾病，西藥和中藥有各自的優勢。以感冒為例，如果明確是細菌感染且比較嚴重，服用西藥抗生素壹般效果較快，而中藥通常效果較慢。如果是非細菌性感染後咳嗽長期不愈，服用中藥的效果則較好，而西藥沒有很好的效果；
4、毒副作用：因為西藥的藥理研究比較明確，所以毒副作用也更明確、詳細，包括毒副作用的具體表現、中毒劑量、持續時間、緩解和治療方法等。而中藥在這方面相對不夠清晰，也是中藥的壹大缺點。
對於中藥的優點和缺點，或者應選擇中藥還是選擇西藥，最有意義的對比方法是具體到某種疾病上，針對這壹種疾病分析。綜合分析藥物療效、毒副作用、經濟條件等諸多因素之後，才能做出準確判斷。