近年來，科學家在轉基因食品的安全性研究方面取得了壹些成果。雖然有些結果並不科學，沒有說服力，但也給人們敲響了警鐘。
1998年，英國普斯泰在《自然》雜誌上發表了壹篇文章，報道了用植物雪花蓮凝集素轉基因土豆餵養大鼠，會導致器官發育異常，免疫系統受損。如果此事得到證實，將對生物技術行業產生巨大影響。英國皇家學會組織的評審後，認為這項研究存在6個缺陷，結論不科學。1999年，康奈爾大學在《自然》雜誌上發表了壹篇文章，報道稱44%的蝴蝶幼蟲在吃了撒有Bt轉基因玉米花粉的馬利筋後死亡。這件事引起了美國公眾的關註，因為彩蝶是美國人喜愛的昆蟲。壹些科學家認為，這個實驗室在實驗室條件下人工將花粉灑在草上，並不能代表田間的實際情況。此外，2001墨西哥玉米基因汙染事件和2002年人體內DNA殘留的實驗結果，加劇了人們對轉基因食品安全性的擔憂。世界糧農組織、世界衛生組織、經濟合作組織等國際權威組織均表示，人工移植外源基因可能會對生物產生“意想不到的後果”。也就是說，我們還沒有足夠的科學手段來評估轉基因生物和食品的風險。國際消費者聯合會(其成員包括115個國家的250個消費者組織)表示，“目前，沒有壹個政府或聯合國組織會宣稱轉基因食品是完全安全的。”在歐洲，綠色和平組織和其他組織甚至更加強烈地反對進口轉基因食品，警告說轉基因植物將導致自然種群的退化和滅絕。2004年初，芬蘭國家消費者調查中心進行的壹項調查顯示，在對食品加工業的擔憂中，對轉基因食品的擔憂排在第壹位，約60%的受訪者表達了強烈的擔憂。統計顯示，70%的歐洲人不想吃轉基因食品，很多歐洲人堅決反對在食品中添加任何轉基因原料。