1999年3月，水井坊的考古發掘讓人們第壹次清晰地看到了古代中國人釀酒的全過程。
蒸煮糧食，是中國人釀酒的第壹道程序，糧食拌入酒曲，經過蒸煮後，更有利於發酵，在傳統工藝中，半熟的糧食出鍋後，要鋪撒在地面上，這是釀酒的第二道程序，也就是攪拌、配料、堆積和前期發酵的過程。晾曬糧食的地面有壹個專門的名字，叫晾堂。水井坊遺址壹***發掘了3座晾堂，依次重疊。晾堂旁邊的土坑是酒窖遺址，就像壹個個陷在地裏的巨大酒缸。水井坊發掘出了8口酒窖，內壁和底部都用純凈的黃泥土塗抹，窖泥厚度8厘米到25厘米不等。
酒窖裏進行的是釀酒的第三道程序，對原料進行後期發酵。
經過窖池發酵老熟的酒母，酒精濃度還很低，需要經進壹步的蒸餾和冷凝，才能得到較高酒精濃度的白酒，傳統工藝采用俗稱天鍋的蒸餾器來完成。
人們在清代層面上發現了壹個奇怪的圓型遺存，乍壹看，有點像水井。考古學家最後定論，這是目前可以確定的中國最早的生產蒸餾酒的實物。當年在基座上架著巨大的天鍋，天鍋分上下兩層，下面的鍋裏裝酒母，上面的鍋裏裝冷水，基座上柴火旺盛，蒸煮酒母，含有酒精的氣體被上面的冷水冷卻，凝成液體，從管道流出，這就是蒸餾酒。
人們以此推斷，在清代，這裏生產的就是蒸餾酒，而且技術已經和現代釀酒技術十分接近。專家對水井坊幾口老窖池的微生物進行了檢測，分離到紅曲和根黴。水井坊考古證實，中國最晚在元末明初，就已經有了非常成熟的蒸餾酒釀造技術。
中國的蒸餾酒分為濃香型、清香型和醬香型等等，水井坊釀造的酒屬於濃香型白酒，是中國蒸餾酒中分布最廣泛的壹種，它在釀造技術上最大的特點是用泥窖釀酒，成為中國釀酒工藝中壹個特殊的門類。它的發源地就是成都平原和四川盆地，只有這裏才能產生非常好的濃香型的酒。
由於目前發掘的面積有限，第三層以下還沒有深挖，因此，在遺址的下面很可能還埋藏著更早年代的文物和遺址，不同歷史層面的廢棄、啟用的真相也許會在未來的進壹步發掘中給我們壹個更加合理的解釋。