1.缺乏整體規劃。鄉村規劃要和當地的生態、文化、產業相結合，但目前部分村莊沒有規劃；有的規劃簡單樸素，在挖掘村落自然、歷史、文化、產業元素上不到位，沒有突出的村落文化；有些村根據上級部門的政策制定了很多規劃，在執行中無所適從，造成不必要的重復和浪費。在頂層設計上缺乏系統深入的判斷，規劃科學合理，公共空間綠化美化率低，整體鄉村風貌不協調統壹。
2.基礎設施薄弱。雖然近年來，各級政府對農村地區的水電路和其他設施進行了大量投資，並取得了顯著成就，但仍然存在農村發展不平衡和基礎設施條件普遍較差的問題。壹些村莊的道路、給排水、環衛、公共服務等基礎設施還比較落後，難以適應村鎮經濟發展和人民群眾生活生產需要。
3.有很多違章建築。在壹些村子裏，住的大多是農民、老人和外來租戶。生產生活所需物品多，生活面積有限，村兩委管理不嚴，導致亂建現象普遍。圈地成了自己的後花園，大廳被擴建成了停車庫，邊境邊上建起了小房子。各種違建成為農村環境的“減負項”。新時期的“疏解、整治、提升”行動，堅決拆除了違建，很好地控制了新建。但是，歷史遺留的違建過於普遍，村容村貌受到嚴重影響，仍然是阻礙美麗鄉村建設的重要原因之壹。
4.落後的生活方式。隨著社會的不斷發展，人們的觀念也在不斷更新和提高，但仍有許多村莊沿襲著過去保守落後的生產生活方式，如燒炕睡覺、燒柴做飯、燒煤取暖等，造成了環境問題。看似廚房煙囪冒出的煙在裊裊上升，實際上汙染嚴重。部分村民不講究衛生清潔，生活中存在亂扔垃圾、亂扔煙頭口香糖、養貓養狗隨地大小便等不良習慣，農民的文明觀念和環保意識。
5.資金支持不足。鄉村建設的資金來源主要靠政府投入和村民自己。畢竟政府投入有限，不可能面面俱到。大部分村民並不富裕，但他們也沒有能力這樣做，這就導致了農村的落後和發展緩慢。有限的資金投入在水、電、氣等基礎設施建設上，對環保隊伍的財政支持相對薄弱。受資金影響，環保隊伍建設不到位，無法快速、準確、幹凈地清理村莊衛生。
6.缺乏長效機制。鄉村建設是壹項長期復雜的系統工程，不能著眼於壹時的整改而忽視長期有效的管理。目前“治頭疼醫腳疼”的現象比較普遍。常態化的環境治理維護不夠，往往就完了。臟、亂、差、“鮮皮”死灰復燃，陷入“治理-反彈-再治理”的怪圈，沒有有效的長效管理機制。
7.村級功能不強。由於薪酬、能力素質、工作強度等原因，部分村兩委幹部存在“能幹的不想幹，幹的不想出力”的現象，工作“慢”，執行力和工作效果差。很多村民對鄉村建設的主體認識不清，認為這是政府行為和項目，與自己無關，“等、靠、要”思想嚴重。村級堡壘作用沒有充分發揮，村民自治和主體意識不強，政府對村級的激勵和約束還不到位。