(1)日光消毒:將配制好的基質放在幹凈的水泥地面、木板或鐵皮上，薄薄地鋪壹層，在陽光下暴曬3 ~ 15天，可殺死大量的病菌孢子、蟲卵、菌絲、成蟲和線蟲。
②蒸汽消毒:是壹種安全可靠的方法。只要保持72℃的溫度半小時以上，大部分病原生物、土壤害蟲、雜草種子都會死亡。但加熱時間也不容易太長，否則會殺死能分解肥料的有益微生物，從而影響花卉的正常生長發育。消毒時，將切割基質放在壹個大木框中，木框底部用紗布隔開，讓蒸汽流通。4-5個木框疊放在壹起，下面壹口大鍋燒水，開水(100℃)的蒸汽逐漸上升。頂面覆蓋防水帆布，用溫度計測試木框四角是否升至72℃，30分鐘後即可取出冷卻。也可以使用自制消毒櫃的方法，即先將大汽油罐或帶蓋的容器改裝成蒸汽消毒櫃，從櫃壁引入穿孔管與蒸汽爐連接，將切割好的基材放入櫃內，打開進氣閥，讓蒸汽進入基材之間的縫隙。不要蓋得太緊，以防爆炸。30分鐘後，停止蒸汽，取出基板並冷卻。
(3)水煮消毒:將基質倒入鍋中的水中，加熱至80℃以上，煮30 ~ 60分鐘，煮沸後濾去水分，晾幹至溫度適中後使用。
(4)火消毒:如果扡插基質數量少，可放入鐵鍋內用火焚燒，待土粒幹燥後再焚燒0.5 ~ 2小時，使基質內的病蟲害全部消滅。
(2)化學處理
①甲醛(福爾馬林):將基質放入剪床上後，每平方米加入6 ~ 12升水至50毫升甲醛，剪前10 ~ 12天用細眼噴壺或噴霧器噴在基質上，蓋上塑料薄膜，不透氣，剪前1周揭開塑料薄膜，使藥液揮發。或者在每立方米培養土上均勻噴灑400-500毫升40%的福爾馬林，將溶液稀釋50倍，然後將土堆起來，用塑料薄膜覆蓋，密封24-48h，去掉覆蓋物，攤開，待氣體完全揮發後即可使用。也可以在床土上噴0.5%福爾馬林，拌勻，堆起來，用薄膜密封5-7天，用前揭去薄膜。
(2)硫磺粉:在扡插床內撒施25-30克硫磺粉並耙平消毒，或每立方米基質施用80-90克硫磺粉並混合均勻。用硫磺粉消毒，不僅能殺死病菌，還能中和基質中的鹽堿，使其呈酸性。所以多用於堿性土壤。
③石灰粉:撒石灰粉，用量為每平方米30-40g。或在每立方米基質中加入90 ~ 120g石灰粉並攪拌均勻。
(4)多菌靈:每立方米基質施用50%多菌靈粉劑40g，混勻後用塑料薄膜覆蓋2-3天，揭膜後使用。
⑤代森鋅:每立方米基質施入65%代森鋅粉劑40g，混勻，用塑料薄膜覆蓋2 ~ 3天，揭去薄膜，待藥味揮發後即可。
⑥硫酸亞鐵(黑礬):配制2% ~ 3%硫酸亞鐵溶液，每平方米9升消毒。