首先，動畫大致可以分為二維動畫和三維動畫兩種。三維動畫基本都是電腦制作的。壹般日本動畫都是二維動畫，用傳統的手繪稿然後掃描到電腦，然後電腦上色-特效-後期配音。當然二維也是全電腦做的，就像喜羊羊是用flash等軟件做的，也是雷克薩斯動畫推廣的二維動畫。泥人動畫、木偶動畫、剪紙動畫都是過去動畫的方法。另外，中國還有傳統水墨動畫，有些是上個世紀的動畫方法，原理是壹樣的。
教育動畫制作的三個階段:
第壹階段:文字模板(漫畫改編，有版權費和作者參與費)、造型設計(包括配件、道具、顏色指定)、圖片模板(故事板)。
第二階段:銀幕分為前期和後期，導演參與。後期是後臺制作，前期是構圖(設計稿)、原畫、原畫臨摹(修改，也叫監制)、動畫、動態檢查、線拍，這些都是在前期完成的。將動畫線稿掃描上色(顏色賦值幹預)，與背景合成完成樣張。
第三階段:樣片剪輯後，配音，配樂，結合音效，加上字幕，進入市場。
教育動畫的成本也取決於制作技術。二維動畫的制作成本低於三維動畫。目前國內流行的是二維加三維動畫的制作方式，這種方式制作的產品成本介於兩者之間。近年來，國內純電腦制作動畫，業內稱之為“無紙化操作”。利用該技術制作壹定規模的動畫，比傳統方式制作動畫可降低成本10%至30%。
壹般情況下，劇場版教育動畫制作全動畫的標準更高，壹秒鐘要畫24張，符合普通電影的標準。要求動畫人物動作最流暢，畫面精美，但制作成本會翻倍，這也是劇場版教育動畫貴的重要原因。