早期的日本儒學主要依附於佛教。從聖德太子變法到孝德天皇變法，再到大寶元年制定“大寶法”，都是日本早期儒家治國安民思想被日本政治采納的標誌。
作為禪宗附庸的儒學
(鐮倉，室町時代)；
鐮倉時代中期(1192-1333)，儒學在中國的新發展——宋雪傳入日本。
從鐮倉時代開始，大量的中國宋儒家經典被中國的佛教僧侶和日本僧侶帶到了日本。中國的禪僧也促進了儒學在日本的傳播。他們到日本後，主要介紹了朱、二程、等人的著作和思想，促進了儒學在日本的傳播和發展。
南北朝和足利時代(室町時代)占主導地位的社會關系，並不要求儒家思想作為統治意識形態，只是把它作為壹種從屬於佛教的教育，和神道、老莊壹起保存下來。儒學雖然成為當時盛行的禪僧的必需品之壹，但仍被納入佛教之中，可見儒學在這壹時期只是佛教的從屬產物。
但由於佛教的傳播與政治掛鉤，也容易受到政治動蕩的影響，而對佛教全盛時期影響較大的變化，則來自於日本進入霞客的戰國時期。
14世紀室町時代初期，日本禪宗僧侶和貴族中就有壹些學習和教授儒學的日本先例。比如學習朱的“五嶽和尚”，幾乎占據了當時日本儒學的半壁江山。與此同時，壹些研究儒學的上層官員和貴族學者的出現，使得這壹階段的新儒家慢慢滲透到朝廷中。
直到公元16世紀，禪宗和尚壟斷儒學的局面才逐漸被打破，“五嶽和尚”之後，形成了研究宋儒學的三大流派:博士派、三安派、海南派。這說明儒家思想不再局限於上層社會，而是在向大眾化發展。
到室町時代末期，在關西、土佐等地，儒學逐漸占據了主要地位，成為統治這壹地區的思想基礎。
三、儒學的全盛時期和日本化(江戶時代)；
江戶時代(1603-1867)是日本社會最後壹個封建時期。戰國之亂後，德川家康建立了自己的政治制度——幕府制度。進入江戶時代後，儒學上升到主導地位，儒學在這壹階段的日本進入了鼎盛時期。
德川幕府時期，日本學者推崇儒家思想，尤其是《論語》。但由於日本不受科舉制度的束縛，對《論語》的解讀比中國自由得多。
在儒學發展的同時，日本出現了不同的儒學研究流派。不同學派之間存在不同的學術觀點，於是展開了不同學派之間的學術爭鳴，猶如百花齊放，爭奇鬥艷，使得學術研究進壹步發展。
壹般來說，儒家思想在江戶時代的發展分為三個時期:
第壹個時期是朱研究的繁榮時期；
第二個時期是陽明學派的興起和齋藤優子學派的對立時期；
第三個時期是古代學派的興起與齋藤優子研究的競爭時期。
第四，資本主義時代的日本儒學。
到了明治時期，日本儒學已經和中國本土儒學完全不同，最重要的是儒學被改造成了輔佐帝制運動的得力助手。伊藤博文、山縣有朋、西周等日本政治家宣揚儒武結合，尊孔尊皇。孔子和武士道走在壹起，神道和儒家思想交融在壹起。所謂“和魂與才”，就像中國的“中體西用”，骨子裏壹定是“和魂”，用儒家思想來支撐“皇道”。孟子，中國孔子的正宗傳人，因其明顯的民本思想而不願被日本人提及。