明治政府廢除了封建身份制度和武士特權，武士階級的地位受到挑戰。在明治政府成立之前，日本武士階層在日本的地位非常高。他們不僅可以在外出時佩戴刀具，而且每個月不用工作也能獲得非常高的收入。但明治政府成立後，這壹切都改變了，武士集團成為重點改革對象，廢除了封建身份制度和武士特權，包括武士階級的統治地位、封建財產權、壟斷軍權、射殺平民的權利。所以武士階層的地位受到了極大的挑戰，這也是日本武士階層衰落的開始。
明治政府發行了“陸金債券”，切斷了武士階層的經濟來源。在廢除身份制度和武士特權後不久，日本明治政府發行了“金券”，將武士階層的工資變成了公債，這意味著武士階層徹底失去了經濟來源，日本武士只能被迫轉行，以至於“金券”公布後，很多日本武士轉行經商。
日本明治政府大力發展資本主義，提出了“富裕強兵”的口號。為了增強國力，日本明治政府開始了全面向西方學習的浪潮，日本的很多歷史文化傳統都被拋棄了，武士階層也是如此。日本明治政府鼓勵資本家，尤其是與政府關系密切的資本家。明治政府進壹步提出了富國強兵的口號，並建立了壹支忠於天皇的軍隊。到目前為止，日本武士階層在軍隊中的最大作用也被禁止了。
1876年，明治政府頒布了廢刀令，引發了武士階層的叛亂，最終武士階層被明治政府消滅。在廢除劍令和壹系列針對武士階級的改革出現後，武士階級對明治政府發動了叛亂。雖然武士階級憑借其豐富的戰鬥經驗在壹開始就取得了優勢，但是在明治政府龐大的軍隊面前還是敗下陣來，日本武士階級慘遭屠戮，這也意味著屬於日本武士階級的時代徹底終結。
雖然日本武士階層在明治政府的壹系列改革下逐漸衰落，但日本武士精神壹直流傳下來，影響了壹代又壹代日本人，尤其是日本軍人。明治政府建立的軍隊信奉永不投降理論，誓死效忠天皇，精神力量極高。