1.結構更復雜
立體倉庫的設計結構非常復雜。由於其功能多，配套設備多，需要投入大量資金建設立體倉庫，其施工技術要求也非常嚴格。相對於立體倉庫，傳統的倉庫建設要少很多，沒有太多要求，功能設置多樣。
2.架子精度高。
因為立體倉庫大部分使用的是高貨架，所以高貨架的精度相比傳統貨架有了很大的提高，因為高貨架的貨物是由機械臂存儲的，會按照操作人員事先設定的程序進行操作。因此，高層貨架的安裝精度要求非常高，不能有任何誤差，否則容易導致貨物存放貨架位置不當等問題。
3.人員要求高
立體倉庫因其結構更復雜、功能更多，對相關操作人員的技術要求更高。只有經過專業培訓的人員才能勝任倉庫操作崗位。相比之下，傳統倉庫對人員的技術素質要求沒有那麽高，大多數情況下只是簡單的貨物搬運和擺放。
4.更大的靈活性，及時調整。
與傳統倉庫相比，立體倉庫在貨物存儲方面具有更大的靈活性，可以根據實際情況及時調整。比如在某個物流高峰期，倉庫需要大量的貨物進行流轉，而傳統倉庫由於其操作流程的不嚴謹和復雜，難以適應大批量貨物的流轉。
不過立體倉庫很好的解決了這個問題。不僅高層貨架可以存放更多的商品，而且其機械化的操作模式可以長時間存放和取出商品，保證大量的商品流通需求可以在壹定的時限內消化。
立體倉庫與傳統倉庫的區別主要包括結構更復雜、靈活性更大、人員要求高、貨架安裝精度高等。
智能倉儲系統可以在計算機系統的控制下完成單位貨物的自動存取，利用自動倉儲設備和計算機管理系統的配合，實現立體倉庫高層擺放的合理化，從而減少差錯，加快貨物存取節奏，提高工作效率；提高空間利用率，減少庫存，節約土地投資成本；降低勞動強度，改善工人工作環境，降低人工成本；實現系統的整體優化，提高企業的生產效率和現代化管理水平。同時，提高客戶滿意度，實現食品安全快速可靠追溯。
該系統可以在現有倉庫的基礎上升級，獨立運行，也可以與包裝生產線連接。
系統組成
貨物的運輸和儲存-高層貨架，托盤和集裝箱。
暖器，對設備進行入庫和出庫操作。
進出分配系統-滾筒、鏈式輸送機、分配車、升降機等。
WCS控制系統-包括計算機控制的進出設備、配電系統和各種測試和保險機構的所有電子控制裝置。
WMS倉庫管理系統-倉庫賬戶管理，數據分析，合理管理貨位，設備運行和庫存狀態顯示等。