食醋的釀造過程主要有三個步驟：壹是原料中澱粉、蛋白質等大分子物質的分解。二是酒精發酵。三是醋酸發酵。這三個步驟中使用了不同的微生物。
第壹個步驟中的微生物是黴菌，大多是曲黴，如米曲黴、黑曲黴，也有用黃曲黴的。這類微生物能夠產生澱粉酶、糖化酶，使澱粉液化、糖化而分解。同時，產生的蛋白酶可分解蛋白質。
酒精發酵微生物是酵母菌。酵母菌在無氧條件下，把糖類轉化為酒精。
醋酸發酵微生物是醋酸菌。醋酸菌是醋酸發酵的主要菌種。醋酸菌具有氧化酒精生成醋酸的能力，醋酸在發酵醅料中積累，淋出來的液體就是食醋了。
黴菌、酵母菌、醋酸菌就是食醋釀造過程中的主要微生物。
當然，食醋釀造中的微生物不止這些，如還有丁酸菌等，它們產生的有機酸與酵母菌產生的乙醇結合生成酯類物質，賦予食醋特殊的香氣。