1、染色劑濃度：病理巴氏染色使用的染色劑通常是甲苯胺藍和蘇木精等，染色劑的濃度會影響染色的強度和清晰度。如果染色劑濃度過高或過低，都會導致染色結果不理想。
2、染色時間：病理巴氏染色的時間是控制染色效果的重要因素。染色時間過長導致過染，使組織細胞核和胞質顏色變得過於深色，難以區分。而染色時間過短則會導致染色不足，影響觀察和診斷。