保護皖南古村落的方法如下：
分析現有存在問題，改變古村莊臟亂差環境面貌，提高村民的生活環境質量，改造村落建築空間，梳理街巷空間，改善村容村貌，關註村落歷史文化遺產，探索其在現在化過程中生存和延續的可能性和措施。
了解當地的民俗民情和社會組織狀況，引導各項產業合理，漸進和持續發展，整治的內容主要為道路及基礎設施的建設，村莊的環境整治，建築立面改造，綠化布置等。
規劃對村莊內的的每壹棟建築，通過綜合評價其建築建造年代，保存質量，風貌狀況等條件，制定出相應的保護，整治的措施，分為重點保護類，壹般保護類，整飾類，新建類和拆除類5種。
重點保護類建築要保留富有歷史文化價值的建築和質量較好的建築，如祠堂，百年老宅等，采用原材料並嚴格按原樣，原工藝保護修繕，同時進行定期修繕維護，壹般保護類建築是壹般為古民居宜定期修繕，在保證其房屋結構，建築外形不變的前提下允許適當改造。
改造後的民居仍應符合傳統徽州民居樣式，內部適當更新改進，增加衛生設計，滿足現代生活需要。
整飾類建築是對於壹些近十年新建的建築，建築質量雖好，但風貌較差的建築予以整治裝飾，遠期遵循住戶意願在規劃指導下進行更新，使其與傳統村落空間協調，新建類建築是新建住宅形式建議采用聯排形式。
節省土地資源，整體布局緊湊，空間利用合理適，當提高土地利用率，改善村民居住質量，住宅層數以2層為主，新建建築造型要求結合王村傳統徽派民居形式，灰瓦白墻，嚴格控制新建，加建，避免大面積不協調建築的出現。
拆除類建築是要拆除危房，簡易房，露天豬圈和簡易廁所及壹些影響村容村貌的農村附屬用房，對布局不合理或影響景觀及道路暢通的建築也予以拆除。
皖南的生物資源：
皖南地形復雜，生境多樣，有維管植物2342種，隸屬198科，913屬，該區植物科的分布以熱帶至亞熱帶成分為主，熱帶至溫帶成分次之，分別占了31.8%與23.6%，屬的分布區類型表明溫帶分布占50.7%，熱帶分布占36.6%。
其中北溫帶分布162屬，占總屬的19.6%，而泛熱帶分布有154屬，占18.6%，顯然，該區系溫帶成分占優勢，並有較大比例的泛熱帶成分，科屬的統計略有差異以及草本植物***占總種數的59.0%等，都反映了該區系具有亞熱帶向溫帶過渡的雙重性質。
區系古老，原始成分眾多，特有現象明顯，具特有屬29個，安徽特有被子植物25種，特產皖，浙，贛三省交界處的特有蕨類植物4種，被子植物81種。