日本京都大學自古以來就有獨立自主辦學的優良傳統，建校初始，當時的文部大臣和京都大學的首任校長木下廣次就強調京都大學壹定要辦出自己的特色。要?比東大更尊重學生的獨立自主精神?。1913年，抗議校長獨斷專行的?柳澤事件?，導致了校長選舉制度的產生;1928年，法學部瀧川教授被解雇引起全校沸騰，抗議軍國主義踐踏民主和對愛國教師的迫害。為了探求真理就要爭取自由研究的權利，同樣也只有有了這種權利才能保證自由學風的實行。日本介紹，有的京大學生說：?在這裏學習有種自由感，校方在學習和生活上從不施加過多的壓力，有誌者致學，無誌者盡興，各聽其便，互不幹擾。?因此，日本國內就有壹種流行的說法：?想讀書就去京大。? 這種學風體現在教學上就是彈性的管理原則，京都大學全校實行選課制，這個制度是法學部在20年前創設的。據此學生可以打破學年的界限，只要取得規定的學分就可以畢業，且取得學分不壹定要經過考試，撰寫論文報告亦可取得學分。以理學部為例，在兩年的專業課程的學習中，由學生自己選擇最適合的專業基礎課程組合學習，然後再確定重點專業方向。專業基礎課程組合分為數學類、物理類、化學類、生物類四大塊，由學生任選壹塊。兩年專業課程組合分下列四種類型搭配：自然科學展望、***同基礎學科、專業基礎、專業課。對外來的留學生、本科生實行自由轉學和互換學分的制度。
自由的學習氣氛和嚴謹的學風並不矛盾，學校始終認為：學習是自願自覺的行動，要靠自己的責任感和不懈的努力，京都大學的特色就是要培養具有獨立思考和判斷能力的人。因而在這種學術氛圍裏用不著擔心這種?過分?的彈性會導致放任自流。事實上，在京大要想拿到學位要比其他學校(包括東大)困難得多。同時，京都大學位於日本歷代的古都，有著悠久的日本傳統歷史和文化;遠離首都的政治中心和繁華的大城市，為學者準備了潛心治學的理想場所;優美的校園自然環境;京都人那種?優哉遊哉?的生活方式，這些獨特的學術環境與京都大學成果累累、人才薈萃都是分不開的。
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