日語標記有4種，日本使用的羅馬字標記有“黑本式”和“訓令式”，還有“修正黑本式（標準式）”和“日本式”。
小學教的是“訓令式”和“黑本式”，JR等鐵路站名則是“修正黑本式”。各種標記方式各有不同，比如“訓令式”中長音標記是在發長音的母音上加“^”（山型符號），“黑本式”則是在後面加“—”（橫線）來標記。最近還能看到各種長音的標記方式，有什麽都不加的，有加h的，還有母音重疊寫的。
訓令式羅馬字
訓令式羅馬字是日本政府為避免黑本式和日本式同時使用造成的混亂，根據內閣訓令（編者註：即命令）而頒布的。自發布以來壹直就是日本官方認證的權威表記法。
但是需要註意的是，除了正式文件會使用訓令式之外，不管是日本國內民眾，還是外國日語學習者，都是憑借自己的習慣使用羅馬字，並不受限於壹個統壹的標準。
盡管如此，有壹些規範卻是必須要遵守的。日本文部省規定，撥音「ん」統壹用n來書寫。促音用最開頭的字音重寫來表示（比如った寫作tta）。此外，個別特殊讀音表記不作規定。
以下為訓令式表記法。
黑本式羅馬字與日本式羅馬字
黑本式羅馬字是由美國牧師黑本發明的日語表記法。對日語非母語的人來說，黑本式羅馬字更易懂。比如，黑本式羅馬字把し標註成shi而不是si，把つ標註為tsu而不是tu，與日語發音更接近。
在黑本式表記法和現行的訓令式表記法中，助詞「は」、「へ」和「を」通常采用（wa）、（e）和（o）進行表記。然而在嚴格按照日本傳統音韻學的表記中則使用的是（ha）、（he）和（wo）。這是習慣使用黑本式的日語學習者需要註意的。
黑本式是以英語發音為基礎的，日本人使用起來不是很方便。而日本式羅馬字則是由田中館愛橘基於日語音韻學所創造的，它獲得了很多日本學者的支持。然而，這壹排除了英文發音習慣的表記法卻遭到了母語為英語的外國人以及日本英語學者的激烈反對。
最終，圍繞應該采用哪壹套表記法，日本國內議論激烈，莫衷壹是。因此才有了訓令式的出臺。雖然最終這兩者都沒能獲得官方地位，但是卻留下了深刻的影響。在日本文部科學省公布的拼寫法法案中有這樣壹句話。“在國際慣例或者習慣等難以改變的情況下，可以使用以下表記法”。
以下為獲得了官方許可的黑本式和日本式表記法。1至5行為黑本式，6至9行為日本式。