有機種植比傳統種植的產量都要相對低壹些，因為化肥和農藥的緣故，傳統種植的病蟲草控制的都比較好，不過弊端就是農藥殘留，而有機的則病蟲害治理相對就有些難度。
不過有機種植的產量變化很大，有些有機耕地比傳統種植方式的產量低很多，而另外壹些卻已經和傳統農業的產量相當接近了。
有機種植中農作物的品種十分關鍵，有機水果和產油種子（oilseed）只比傳統農業的產量低3%到11%，而有機蔬菜和谷物的產量會比壹般的同類作物低26%到33%。
土壤條件也是壹個重要因素。研究發現，在酸堿度比較中性的土壤裏（pH在5.5到8.0之間），有機耕地的產量會和傳統耕作的方式比較接近，但是在這個範圍之外，傳統農業從產量上來說，優勢就比較明顯了。壹個可能的解釋是，在強酸或強堿的土壤裏，作物更依賴化肥中的磷，而有機生產方式很難給這些作物提供足夠多的磷。而有機種植中可以相對的用些對作物無副作用的生物農藥或者生物肥料作為輔助，或能在壹定成程度上改觀 。
另外，有機農業在發達國家和發展中國家的表現也很不相同。在發達國家，有機農業的產量比傳統農業要低20%，而在發展中國家，有機農業產量要低上43%。此外，有機農業還很依賴具體的耕種管理措施，營養補充和害蟲管理都很重要。
氮肥很可能是有機生產方式的限制因素