微生物傳統檢測方法主要指傳統的培養檢測方法、經典的PCR等分子檢測方法、基於抗原抗體反應的免疫學檢測方法等等，很多這些傳統的檢測方法都作為經典寫進了國標，在很多方面仍具有不可替代性。
但不可否認，很多微生物傳統檢測方法過程繁瑣、質量難控、費時費力、易發生主觀片面錯誤。
隨著科技的進步，科學家發展了很多微生物新興檢測方法，如基於物理方法——氣味指紋技術、基於化學方法——光譜指紋技術、基於代謝方法——色譜指紋技術等快速無損檢測技術，微流控芯片技術，基於CRISPR分子檢測技術。
這些新興檢測方法操作簡單、準確性好、高靈敏度、快速自動化檢測及分析，極大彌補了微生物傳統檢測方法的不足；未來微生物檢測發展方向，還是要結合傳統檢測方法與新興檢測方法的互補。