高成本與低附加值：生鮮本質上屬於農產品，毛利率壹般只有20%~30%，個別進口水果、肉類等附加值高壹點，壹般也不超過50%。典型的某水果B2C成本結構如下：倉儲費用5%，分揀包裝費用8%，物流配送費用20%，管理及人力費用12%，市場推廣引流費用25%。各項費用加起來占比70%。顯然，毛利率無法抵消各項費用，賬面總是做不平，導致大多數生鮮電商企業都是虧損的。
不斷融資與兩線燒錢：放衛星式的創業思維GBF(GET?BIG?FAST)模式用於生鮮電商，是市場最受歡迎和競爭最激烈的商業模式。與標準品電商都是壹線燒錢，而生鮮電商是兩線燒錢，即線上燒錢——打市場、樹品牌、拉用戶;線下燒錢——控基地、做分揀、建冷鏈。冷鏈物流比起普貨物流成本高40%~60%，壹個標準化冷庫建設成本需要1500~2000元/平米，相當於普通倉庫的4~5倍。再加上分揀、包裝和加工環節也需要耗費大量人力成本，所以生鮮供應鏈總成本居高不下。壹般來說，生鮮線下的供應鏈投入相當於線上投入的2倍以上，所以在相同體量下，生鮮電商比起其他電商燒錢多2倍以上。在這樣的情況下，迫使生鮮電商不斷融資，不斷做規模，希望達到規模效應而降低邊際成本。
消費的高標準與產品的非標準：生鮮電商對於大眾來說，有很高的期待，希望生鮮電商能改變食品安全問題，帶來新鮮健康生活。消費者的標準非常高，包括新鮮、美味、綠色、有機、無汙染、原產地直供、極速送達……然而，生鮮屬於非標品、易腐品，導致以上高標準很難達到。比如，同壹個品種的蘋果，分別種植在山西和山東，不同產地的土壤、水肥、氣候、光照、濕度都不壹樣，導致其酸甜口感、營養成分、形態顏色、尺寸大小等都不盡相同。即便是同壹棵樹上的蘋果，月初和月末采摘的也不會完全相同。至於土壤是否汙染，農藥是否超標，面對上遊高度分散的眾多基地，生鮮電商無法壹壹去甄別與篩選。因此，在現階段，生鮮電商無法從源頭上解決產品是否綠色無汙染問題，消費者的期待和需求並不能真正滿足。總之，生鮮電商的投訴率顯著高於其他電商，很難做到“所見即所得”，讓圖文描述與實物完全相符;即便描述相符，物流途中的損耗，也容易讓實物面目全非。
供應鏈集約化與產業分散化：生鮮的品質受制於供應鏈，供應鏈受制於冷鏈儲運體系的普及。冷鏈體系建設投入大，需要集約化、社會化、規模化，才能攤低高昂的成本。在生鮮領域來說，生產者、流通商到零售商的企業規模小，分散度高，以至於無法形成合力去完成冷鏈基礎建設。生鮮電商帶著使命和光環降生，接受了大量社會資本的註入，也背負了眾多消費者的期望，因此必須推動行業集約化與規模，優化產業結構，完成基礎冷鏈體系建設。這就讓生鮮電商從誕生之日就背負沈重的枷鎖，步履維艱。
高大上的外行與草根化的內行：生鮮行業傳統的從業者，動輒有著20年的經驗，才能摸透生鮮的脾性，將供應鏈效率提到最高、損耗降到最低。但是他們都是草根分散化經營者，無法承擔產業變革的使命。這時候，生鮮電商團隊殺來了，他們大多是各行各業的職業精英，帶著情懷和資本，湧入生鮮電商行業，但是毫無生鮮行業經驗。於是，他們犯了很多業內人看來非常可笑的錯誤，交了大量的學費，才慢慢變成生鮮的內行。