肛周膿腫壹旦形成，應盡早切開引流，淺表的膿腫如肛周皮下膿腫可以在局麻下完成，位置偏深的膿腫則需要在腰麻甚至是全麻下完成。對於有糖尿病、炎性腸病等誘因的患者在切開引流的同時還應積極治療原發病。
藥物治療
口服抗生素
對膿腫引流後感染控制不好的患者，在積極查找有無殘余膿腫時，應根據細菌培養結果調整抗生素。
原則上，身體狀況良好的非復雜性肛周膿腫在行膿腫切開引流術後不推薦常規使用抗生素治療。
對於伴會陰部壞死性筋膜炎的患者，在積極手術清創的同時，必須聯用高效廣譜的抗生素。
外用抗感染藥膏
主要在膿腫未形成或未切開引流時使用，但當膿腫切開引流後，無需繼續使用。
瀉藥
對於有排便困難的患者可以口服緩瀉劑來軟化大便，減輕排便時的疼痛癥狀。
手術治療
肛周膿腫壹經確診，應盡快行膿腫切開引流術，以免感染進壹步擴散。根據膿腫的深淺和具體的位置，其采用的麻醉方式和手術操作步驟有所區別。
手術方式
不同部位肛周膿腫
淺表的肛周膿腫如肛周皮下膿腫及部分較表淺的坐骨直腸窩膿腫可以在局麻下完成，切開後膿腔可以填塞凡士林紗布輔助引流及膿腔內止血。位置偏深的膿腫則需要在腰麻或全麻下完成，通常需要放置引流管輔助引流。
對於直腸黏膜下膿腫、括約肌間膿腫以及經括約肌間擴散形成的肛提肌上膿腫，需經肛門鏡下行膿腫切開引流或切開內括約肌引流。
坐骨直腸窩膿腫與肛提肌上間隙膿腫合並時應仍經坐骨直腸窩引流，需充分擴創肛提肌，並安置引流管。膿腫切開的皮膚開口應足夠大，避免皮膚先於膿腫愈合。
肛周膿腫並發肛瘺
由於部分肛周膿腫患者並發肛瘺，對於這些患者，膿腫切開引流時是否同時行肛瘺的切開或掛線手術目前仍有壹些爭議，準確找到竇道及內口，避免制造假的竇道是成功的關鍵，建議同期手術僅在有充分經驗的醫院開展。對於復雜的肛瘺應在肛周膿腫痊愈後再次行肛瘺的手術來減少手術並發癥。
肛周膿腫合並會陰部壞死性筋膜炎
對於合並會陰部壞死性筋膜炎的患者，應充分切開皮膚，切除壞死的皮膚及皮下筋膜，至新鮮、出血的創面為止，並同時使用高效廣譜的抗生素。術後應及時檢查創面，有新的壞死組織時，可每2~3天再次清創，嚴重的患者常常需要多次清創才能痊愈。壞死性筋膜炎有較高的病死率，行清創時應盡量徹底，不應顧忌皮膚軟組織的缺損如何重建。感染鄰近肛門時，應行結腸造口，避免大便汙染創面。
術後護理
飲食
飲食需註意清淡、軟食，避免食用辛辣食物。
藥物
可服用容積性瀉藥，使大便變軟，減輕因排便帶來的疼痛。
溫水坐浴
較淺表的肛周膿腫切開引流後可以使用1:5000濃度的高猛酸鉀溫水（先煮沸再冷卻）或溫水加碘伏坐浴，將肛門浸入溫水中10~15分鐘，每日2~3次。
膿腔沖洗
深部的膿腫切開後可以在醫生指導下，使用生理鹽水進行沖洗。膿腔很深者，也可用紗布松松填塞引流，避免切口皮膚先於膿腔愈合。
中醫治療
在膿腫形成前，可采用有抗感染作用的中藥膏劑外敷。