首先，肝內膽管結石的治療是外科臨床上的壹個難題。由於認識上、解剖上、病理上、技術上多方面的原因，致使肝內膽管結石的治療還存在很多問題，影響治療效果。所以要特別予以重視和認真對待。
（1）肝內膽管結石外科治療的難點
由於肝膽管結石的病理十分復雜，在思想認識上它是區別於膽囊結石的另壹病種，不能按照治療膽囊結石的原則和方法來處理肝膽管結石。膽囊結石可以采用口服或穿刺滴註溶石藥治療，並取得壹定效果，肝內膽管結石目前尚無理想的溶石藥。膽囊結石切除膽囊，可以得到徹底治療，肝內膽管結石就不能廣泛切除膽管，加以肝內膽管結石肝內外病竈分散，往往合並肝內外膽管狹窄和擴張，從技術上講有時難以壹次在手術中完全予以處理。有時患者處於急性膽管炎、休克等危重狀態，急癥手術、術前情況不清或僅允許進行應急措施，遺留肝內病變。肝膽管結石合並肝硬化、門脈高壓癥，手術治療非常困難等原因，致使肝膽管結石的外科治療，經常發生術後殘余結石和膽管狹窄。國內統計肝膽管結石術後，殘石發生率高達40% ～ 70%，遺留肝內膽管狹窄的比例更大，以致約30% 的病例需要再次行膽道手術。嚴重的是很多患者隨著手術次數的增加，病理情況更加復雜，膽管狹窄更易發生，又需再次手術。因此增加了手術並發癥和死亡率。
（2）肝內膽管結石外科治療的原則
隨著醫療實踐的提高和診療技術的進步，系統方法提高了處理肝膽管結石，必須堅持整體性、綜合性與辯證性原則的認識。影像學檢查和肝門解剖立體成像的概念，使傳統的肝外手術轉為肝內手術成為可能。對肝內膽管結石治療，運用肝外科技術，處理肝門部和肝內大膽管，以達到良好的顯露，形成了比較完整的肝膽管結石外科治療原則，即取凈結石，去除病竈，矯治膽管狹窄，恢復和建立膽道的生理功能與通暢膽流，避免和防止膽道感染及結石的復發。
（3）作好術前準備，避免急癥手術
按照治療原則進行系統規劃與整體設計。對肝內膽管結石患者，盡量不在急癥時，特別是病理情況不甚清楚情況下進行手術。可以采取中西醫結合方法，給予適當抗生素，經鼻膽道管進行膽管減壓，或經皮肝穿刺膽管引流，糾正水電解質紊亂及酸堿平衡，度過急癥期。
術前積極治療各種並發癥，診斷清楚膽石部位，膽管狹窄的部位及程度，肝內外膽道的病理狀況，肝功能及全身情況。根據病變和實際可能，制訂治療方案，力求作好第壹次手術。如為已行多次手術的病例，更應慎重考慮，周密設計，爭取成為最後壹次手術。
（4）組合手術與後續治療
①組合手術。肝膽管結石外科治療的要求，很難用某壹手術方式，在壹次手術中徹底解決，必須采取多種手術方式組合起來，進行互補，以滿足治療的需要。例如位於左葉結石或左葉肝纖維化、肝組織萎縮，可行肝左葉或肝左外葉切除；如同時合並肝門膽管狹窄，行肝門膽管成形術；如膽管組織缺損，可以膽囊瓣或圓韌帶修補；如缺損較大，還可以胃或空腸帶血管蒂瓣修補，只要肝外膽管下端無狹窄，盡量以膽管成形術來保留肝外膽道及膽總管末端括約肌的功能。
如為肝左、右葉廣泛結石，且合並肝門膽管狹窄，可以自肝管切開，向上顯露肝內1 ～ 2 級肝管，解除膽管狹窄和取凈肝內結石。
現在用超聲碎石鏡直接進入肝內膽管進行碎石，因為有電視監視，可以到達3 ～ 4 級膽管進行碎石，並且它是邊碎邊吸，大多數病例可在術中全部清除結石，加上術後膽道鏡治療，提高了肝內膽管結石的治療效果。
如果肝外膽管狹窄已不能利用，或為再次手術患者，處理肝內結石及解除膽管狹窄以後，則宜行肝門膽管或肝內膽管空腸Rouxen-Y 吻合術。重要壹點是如肝內遺留病竈，特別是肝內膽管狹窄未予解除，而在狹窄以下行膽- 腸吻合術，則術後不但未解決膽汁通暢引流，而且會增加腸膽反流，發生膽道感染或嚴重膽管炎，或使結石復發，是臨床上常見的再手術的原因。
②後續治療。即在手術中置入肝內或肝外膽管內導管，這種導管可以是單純導管，也可以是氣囊導管。導管置入的位置根據肝內外有無殘留結石，有無膽管狹窄和導管的功能而定。有些肝內、外膽管狹窄或吻合口內的支撐導管，氣囊導管，皆需要保留較長時間，壹般6 ～ 12 個月。對於需要長期置管患者，可用U 形管，以減少膽汁的丟失。膽管內導管術後可以起到多方面的作用：進行感染膽汁的引流；支撐膽腸吻合口；支撐和擴張膽管狹窄；通過導管進行滴註藥物，抗炎、止血、溶石；通過導管以聲頻液壓震蕩碎石；經導管竇道，用膽道鏡取殘余結石或碎石治療；經導管進行膽道造影，觀察肝內外膽管的病理情況，決定下壹步的治療方法和是否拔除導管。這些措施是手術治療的繼續和補充，只有組合手術與後續治療很好地結合起來，才能提高肝內膽管結石外科治療的效果。
（5）肝膽管結石幾個困難問題的處理
①肝膽管結石並發肝硬化門脈高壓癥。肝膽管結石肝臟的病理變化，主要是膽管周圍的肝組織和匯管區，隨著慢性炎癥的發展，肝組織纖維化，門靜脈腔縮小，管壁增厚。匯管區內肝動脈明顯擴張，內徑增粗，門靜脈血流受到壓迫，回流血減少，肝組織萎縮，是產生門脈高壓癥的原因。加上反復發作的膽管炎和膽管周圍炎，膽汁淤滯，肝細胞損害和再生，形成膽汁性肝硬化，隨病情加重門脈高壓癥也愈加發展。所以，肝膽管結石患者的門脈高壓癥是繼發的，是長期膽管梗阻，嚴重黃疸肝硬化的結果。此類患者除壹般門體間側支循環外，肝門肝外膽道區域有大量的靜脈網和曲張靜脈，手術的最大困難是手術中難以控制的大出血，也是導致手術失敗的主要原因。如果為再次手術，則難度更大。處理原則：對於這種復雜病例首先是加強手術前準備，控制感染，改善肝功能，然後分期手術。
第1 步是先行脾切除加腸腔分流，降低門靜脈壓力，為減少手術出血作準備。第2 步在術後3 ～ 6 個月，根據情況再作肝膽管結石的徹底手術。
②肝膽管結石多次手術的再手術。肝膽管結石由於它的病理復雜性，手術後膽石的殘留率和復發率很高，或因以前手術方式不當，復發性化膿性膽管炎屢屢發作，以致多次手術並使病理情況更加復雜化。當需要再手術時，無疑增加了手術的難度。處理原則除參照膽道再手術有關問題外，主要註意以下幾點：首先，術前加強全身情況的改善，全面分析患者再手術的原因，重點是解決殘余結石，膽管狹窄，建立或修復通暢的膽流，矯治以前手術的缺陷，改善或設置防膽腸反流措施，減少術後膽道感染和結石復發。其次，手術選擇適當的手術入路，通過肝臟包膜以解剖顯露肝橫裂深部膽管，有時會遇到難以控制的出血，對於肝臟包膜粘連增厚，血管叢增多時，盡量從肝包膜外分離，出血以電凝止血，仔細辨認組織，切忌盲目鉗夾，需要時可予縫紮止血。同時要考慮到肝膽管結石患者的肝臟轉位，肝門結構的移位，可以邊穿刺邊分離，找到肝外膽管。第三，術中配合B 超，術中造影，肝門實在難以解剖時，可經肝實質切開膽管取石或引流。
③肝內膽管殘余結石的處理。肝膽管結石術後仍有殘余結石，是外科治療中的壹個難題。雖然外科技術不斷改進，但是肝內膽管結石術後殘余結石的發生率仍然很高。據統計國內19 個省市4197例肝內膽管結石術後，殘石發生率為30.36%，還有報告術後殘石率高達90%。
治療原則：積極治療因殘石引起的並發癥，例如膽道感染、肝膿腫、梗阻性黃疸等。
術後帶有膽道導管者，於術後4 ～ 6 周，可經導管竇道用膽道鏡碎石和取石。其方法：如有膽管狹窄者，先以經竇道進行膽道鏡或氣囊導管擴張。也可配合十二指腸鏡行乳頭括約肌切開術，解決膽總管下端的狹窄。膽道鏡取石，膽道鏡經導管竇道要細心輕柔，根據術前診斷和膽管內的情況，如膽管炎癥，有絮狀物，判定殘石的部位，或在B 超引導下，進入肝內膽管。對於大塊結石，可先用碎石鉗咬碎，然後夾出。肝內膽管取凈後，再檢查肝外膽道，直至膽總管下端開口。如壹次不能取凈，可以多次取石。每次間隔時間3 ～ 5 天，遇有術後膽管炎者，則應在炎癥控制以後再行取石。每次取石以後，都應把導管重新放到膽管內，壹方面便於引流，而且為以後再次取石創造條件。對於4 級以上肝內膽管，膽道鏡不能進入時，可先行聲頻液壓震動碎石，使末梢膽管結石松動至大膽管再行取石。或者用細膽道鏡到膽管開口處，用取石鉗進到遠端膽管內取石。
難以處理的殘余結石是因為T 形管或肝內導管管徑太細，或導管的竇道盤旋曲折，膽道鏡不能進入。此種情況要先用導絲引入導管，間隔3 ～ 5 天更換較粗導管，逐漸擴張，或由導絲引導進入膽道鏡，進行取石。其次就是殘余結石的膽管支開口狹窄，此種狹窄多為相對狹窄或膜狀狹窄，用膽道鏡直接擴張多可通過。如狹窄比較嚴重，膽道鏡難以擴張時，則需進入導絲引導擴張管，先行擴張，以後再用膽道鏡取石。再者因為殘余結石位於肝右葉後段支或尾段支，膽管開口成角，膽道鏡難以找到或難以進入。此種情況應在術前參考B 超、CT、ERCP 等影像學檢查，研究殘石位置，並在B 超導向下由竇道進入膽道鏡尋找膽管開口，如開口角度過小，可使膽道鏡側行彎曲進入取石。
術後已無膽道導管者的殘余結石，治療就比較困難。所以在患者術後拔除膽道引流管以前，常規要進行膽道造影或膽道鏡檢查，確認沒有殘石和膽管狹窄時，才可拔管。如在已無膽道引流管情況下，發現殘余結石，治療方法包括：服用排石中藥，適合於肝內外膽管無狹窄，結石不是過大（0.5 ～ 1.0cm），膽石位於大膽管或膽總管者。
采用疏肝利膽方劑，加以電極板，射流震蕩儀，循經按摩儀，經穴壓迫或針刺排石等。膽石位於膽總管時，可經十二指腸鏡網籃取石，需要時先行內鏡下Oddi 括約肌切開術（EST）。經皮穿刺選擇性膽管置管（SPTCD），通過該導管可滴註溶石劑，如6- 偏磷酸鈉、依地酸二鈉、膽酸、肝素、橘油、豬膽汁等。此種情況再配合聲頻液壓震蕩碎石，可提高清除殘石效果。應用經皮肝穿刺膽道鏡或經口膽道鏡，進行取石和置內支撐管治療膽管狹窄。