手工審計，即傳統審計，稱為“手工”是針對“計算機”而言。通常我們所說的計算機審計有兩層含義：壹是對會計信息系統進行審計；二是利用電腦進行審計。由於會計電算化的發展，以及兩者所用工具的差異，導致了它們之間的區別。具體體現在以下幾個方面：
壹、審計線索
在手工會計中，由原始憑證到記賬憑證，記賬憑證到登記賬簿，最後到編制報表，每壹步都有文字記載和經手人簽章，因而審計線索非常清楚。而在計算機會計系統中，由於電腦自身特性及會計軟件的運行特點，產生了以下壹些問題：（1）輸入記賬憑證後，賬簿和報表瞬間自動產生，使證、賬、表之間的關系不易直觀地顯示；（2）電腦功能發達，容易制作副本使審計人員難以區分原件和復制件；（3）磁介質擦寫不露痕跡的特性，使審計人員無從了解修改前的情況及修改者，甚至連數據是否修改都難以辨別。上述情況使會計電算化核算過程看起來像壹只黑盒子，增加了審計人員理清審計線索的難度。
二、審計對象
審計對象是指審計行為所指向的和作用的復合體。主要是被審計單位壹定時期內會計報表所反映的經濟活動，具體表現為其載體——會計資料和其他壹些經濟資料。在手工審計條件下，會計資料的載體是紙介質；而在計算機審計條件下，會計資料存儲在硬盤、軟盤等磁性介質上，其對象包括整個電子數據處理系統。相比紙介質來說，磁介質有易擦寫、不穩定等特點。本來，會計資料是否塗改，是其合法與正確的壹項重要證據，但在計算機系統中，塗改可做到了無痕跡。此外，壹些外來的因素（如病毒、瞬間高壓等）可能會造成磁盤上信息的丟失，造成會計資料的不完整。在此情況下，如何評價會計資料的正確性成為審計人員的壹項新課題。
三、審計證據
審計證據包括實物證據、書面證據、口頭證據和環境證據四大類。在手工審計與計算機審計中，書面證據和環境證據有著不同的涵義（在此，我們姑且將電腦中的會計記錄劃歸書面證據的範疇）。
1、書面證據的差異。手工審計中的書面證據包括各種原始憑證、記賬憑證、會計賬簿和明細表等，它們都有自己的作用。而在計算機審計中，在輸入記賬憑證後，其他壹切都由電腦處理，賬簿和明細表等只是記賬憑證的衍生物，失去了作為證據的作用。
2、環境證據的差異。環境證據是指對被審計單位產生影響的各種環境事實，如被審計單位有關內部控制的情況、管理人員素質等。在手工審計和計算機審計條件下，內部控制和管理人員業務技術有著不同的內容，從而導致了環境證據的差別。
四、審計方法
在手工審計中，審計方法主要包括制定審計計劃的方法，收集審計證據的方法和提出審計報告的方法。從狹義上說，就是指與取得審計證據相關的各種方法。按不同的標準，可劃分為順查法、逆查法、詳查法、抽查法等；再具體壹些，包括核對法、查詢法、觀察法、分析法等。電腦引入審計後，審計方法發生了很大的變化。它可分為計算機輔助審計方法和面向計算機會計系統的審計方法。關於前者，具體可閱審計署根據《中華人民***和國國家審計基本準則》制定的《審計機關計算機輔助審計辦法》。關於後者，可進壹步分為計算機會計信息系統程序的審計方法，數據文件的審計方法和內部控制的審計方法，具體包括測試數據法、並行模擬法、嵌入審計程序法、代碼比較法、程序解析法、受控處理法等。
五、內部控制
進行審計時，對內部控制的了解是壹項非常重要的工作。審計人員據此估計審計風險、確定審計範圍、制定審計程序。內部控制包括為提供取得企業特定目標的合理保證而建立的各種政策和程序。
在手工審計中，內部控制結構由三個要素組成：控制環境、會計制度、控制程序。主要包括授權控制、責任分工、管理控制、審批和核對控制、內部審計、業務處理標準化等內容。這時的內部控制是通過職責、職權分工，規定標準的業務處理程序及加強業務人員的相互聯系和相互制約來完成的。而在計算機審計中，數據的處理集中由電腦自動實現，從而使原有的許多內部控制過程消失了。例如，在計算機條件下，只需輸入憑證數據，以後的賬簿、報表都是自動產生，這使手工條件下的賬證相符、賬賬相符、賬表相符等壹系列核對控制失去了意義。
換個角度看，電腦的引入，又為內部控制帶來了很多新的內容。首先、會計軟件有自我保護作用，能實現壹部分內部控制的功能。具體包括輸入控制、數據處理過程控制、輸出控制等。其次，計算機系統條件下必須配備壹定的軟件開發人員、系統維護人員、操作人員和管理人員，進行核算軟件的開發，計算機系統的操作、管理與維護。這又給組織控制和操作控制帶來了新的課題。所有這些，都要求審計人員在了解內部控制時采用新的審計程序，采取新的評價方法，以適應內部控制的變化情況。
六、審計環境
審計環境壹般包括以下幾項內容：有關內部控制的情況；被審計單位管理人員和業務人員的組成及素質；各種管理條件與管理水平。在計算機審計條件下，這些內容都發生了變化，主要體現在：（1）計算機會計系統內部控制與手工會計下的內部控制有著不同的內容；（2）電子數據系統的應用造成了人員結構的變化，這種變化不僅僅體現在人員組成上，還體現在人員的知識結構上；（3）上述變化必然會造成管理內容、管理條件的變化，這就要求審計人員提高自身的能力，適應新的審計環境。
七、審計檔案
根據獨立審計準則第六號第十八、二十條的規定，審計檔案分為永久性檔案和當期檔案，當期檔案自審計報告簽發日起至少保存十年，永久性檔案應長期保存。相比手工審計來說，計算機系統審計檔案的保存至少有兩個方面的不利。首先，較難保存。因為在電子數據處理環境下，相當部分的數據是通過代碼的方式存儲在磁性介質上，這些媒體容易因盜竊、丟失、故意或偶然的毀壞及使用等原因而受到損害。其次，成本較高。硬盤等存儲器的價格本來就高，再加上檔案至少保存十年，在此期間，或由於物理性損耗的原因，或由於電腦發展的更新換代而使老硬盤與新電腦不能匹配的原因，這些硬盤上的數據必須不斷地被轉錄到新的硬盤上進行保存，從而造成昂貴的檔案保存成本。當然，也有有利的壹面。軟件人員可使審計檔案資料實現電子檢索的功能，以後萬壹需要，查詢起來也十分方便、快捷，這無疑比手工審計進了壹大步。
八、審計人員
相對手工審計來說，計算機審計對審計人員提出了更高的要求。
1、計算機審計條件下，審計人員應具備壹定的電腦知識。他不僅要有壹定的分析、判斷和表述能力，還要對會計計算機系統有壹定的了解，對其輸入輸出的控制、數據處理的過程及有可能發生的舞弊情況有深刻的認識和掌握，並積累壹定的經驗。同時，應能熟練應用計算機輔助審計技術。
2、計算機審計條件下，審計人員應掌握新的審計理論與方法。如上所述，計算機審計系統與手工審計系統相比，在審計線索、審計對象、審計手段、審計環境、審計方法等方面都發生了變化，這就要求審計人員學習新的理論知識，掌握新的審計方法技巧，以適應以後的審計工作。