傳統上，古寺周圍的村莊代代相傳。據說古寺的歷史可以追溯到商朝，最初名為“青牛洞”。正殿建於唐代，香火壹直很盛。2005年8、9月，工程隊開挖大雄寶殿地基時，先後挖出89根石柱。有關專家檢驗了它的形狀，斷定它是壹件唐代的物件，並推測石柱之所以斷裂並深埋於土中，是地震造成的。從石柱的大小來看，唐代的古寺相當大。
有文字記載的歷史。明朝初年，張日申和唐創建了壹座古寺。當時古寺叫“南巖”“青牛洞”。
隆慶元年(1567)，揭陽人，雲南曲靖人。他是唐的朋友，南燕古寺的建立和修復的確切時間不詳。張日深的詩《青牛洞壁六首》代代相傳。詩中有壹些句子，如“古應文物今興”“風月亭此時興”。可見當年的修繕工程是有壹定成績的，對原有建築進行了修繕，對寺內的文物史料進行了妥善的安置和保管。
後來，徐以維(字，號新溪，湖北蘄水人，萬歷九年(1581)進士，萬歷十八年(1590)任潮知府，有《青牛洞壁詩二首》傳世。後來不知道什麽時候，這片土地被歷史滄桑摧毀了。後來在明朝天啟元年(1621)，雲文才大師和普寧縣的五窩頂(稱大頂)集資修建了南巖古寺。此後古寺幾經興廢，歷經380余年滄桑。當時古寺門口的牌匾是“南巖古寺”，說明在明朝天啟時期的人們眼中，寺廟的歷史已經很久遠，要用“古”字表示難以考證。
明朝崇禎年間，普寧官員林擴建了這座寺廟的前座。林(字童祐)，崇禎年間進士，官至大理寺右副，詩《祐南言》代代相傳。明末清初著名賢者羅(本名真卿，本名永安，揭陽人，崇禎進士，吏部尚書)曾遊覽古寺，贊嘆不已，認為“不可不遊”。清康熙年間，著名學者惠(江蘇吳縣人，秀才，學士官至，吳中學派創始人之壹)曾隱居古寺，自辦圖書館辦學，培養人才。這些名人的行為從壹個側面反映出南燕古寺在明清時期就已經有了知名度。
清末以後，古寺逐漸衰落，道場之風漸淡。
1961年，古寺被普寧縣人民政府定為文物保護單位。1988年，縣政府發布了文物保護單位石碑，確定了寺廟周圍的保護範圍。2004年初，有識之士、善男信女發起成立了南巖古寺擴建改造籌備委員會，以前所未有的規模在南巖古寺擴建建設壹系列文化旅遊景區。
2004年7月中旬，古寺左側聚寶池的古荷種自發遇到了五顏六色的睡蓮。10年6月6日，施工隊在大雄寶殿地基挖出7300余枚古錢幣，重81斤。這些古錢幣有漢代的，也有元代的，經過十代，種類極其豐富，證明了古寺在過去的繁華。
很多東西加深了人們對古寺歷史的了解。但是，唐代以前的古寺是怎樣的，壹直是民間傳說。165438+2004年10月7日石妙空大師用神通觀察得出結論:古寺前身起源於商代，距今3650多年。法師還說，當時印度佛教還沒有傳入東方，先人在古寺裏供奉的是古佛，而不是後來的釋迦牟尼佛。這和民間傳說壹致。法師的玄言壹般人很難理解，現在世界上也有記載。
按說，中國佛教是東漢時期從印度傳入的，所以我們的祖先似乎不可能崇拜佛教。但是根據佛教的理論，如果世間有足夠的因緣，佛就會誕生，說明八相相合，佛教就會逐漸形成。這是因為業力足夠。因緣不夠，佛菩薩與眾生的感應交流也時有存在，真實而真實。眾生皆有情，佛菩薩當有應，有佛時，無佛時，無分別。佛教產生之前，佛菩薩還是有出現的，只是形態變了，不是壹般人能知道的。另外，根據很多佛教經典的記載，比如《千佛經》，釋迦牟尼佛多次明確指出，世界上有三尊佛，分別是扣留太陽佛、扣留牟尼佛和卡亞佛，第四尊釋迦牟尼佛出現在我們人類這壹代。史前佛教留下痕跡也不是不可能。南懷瑾禪師先生曾說，在非洲的壹些國家，觀音菩薩的六字大明咒從古至今代代相傳。這和飛鳳嶺商代祖先奉佛的說法很像。
但實際上，古寺的歷史沿革有賴於更多的實物文獻，各界有識之士都願意參與研究。