第壹種就是比較官方的（但不壹定是事實）：南北朝的時候，由於玉璽出現，後來南朝宋的建立者劉裕北伐奪取玉璽。結果後秦打不過劉裕，想把玉璽給北魏，北魏援軍沒到，劉裕就打過來了，後來玉璽就被燒了。
這種說法，有壹定的道理。據說任何物體都有熔點，都可能被燒壞。
接著就是燒壞論的延續。說這次沒被燒壞，到了唐朝末年，黃巢打進長安的時候，唐僖宗逃跑，傳說這個時候，玉璽被燒或者丟失。
第二種說法也有壹定的道理：說唐僖宗沒把玉璽燒了，而是丟了。後來宋真宗、仁宗時期，就有很多人聲稱自己撿到了玉璽。持玉璽尚在論的人認為，這裏的其中壹塊是真的，也就是和氏璧改造的，李斯刻上“受命於天，既壽永昌”字樣的傳國玉璽。
之後，元朝滅宋，奪得玉璽。後來，元朝北返，回到蒙古地區，史稱“北元”。朱元璋、朱棣12次北伐，都沒能拿下北元，雖然搞的北元相當狼狽。也先時期，北元強大，有過“土木堡事件”。女真崛起以後，北元和女真的關系還不錯。再後來，皇太極打敗了林丹汗余黨，滅掉了北元，玉璽落到了清朝。清朝對蒙古族也相當有待，蒙古地區基本自治。民國時期，蔣介石得到玉璽，並帶到了臺灣故宮。據說，現在臺灣故宮還有傳國玉璽。我沒去過臺灣，不知道是否確有此事。不過大陸的搜索引擎卻都屏蔽這個消息。
這種說法，也存在著頗多漏洞。首先，乾隆是個古玩愛好者，傳說他有壹天心血來潮，看了傳國玉璽，壹看就知道是假的。（自從漢朝以後，三國開始，各個國家都用自己的玉璽蓋章，而不用傳國玉璽，即使他們有）。且康熙、乾隆朝，也有人曾經像宋朝壹樣，“發現”傳國玉璽上交的。也可以從側面證明，清朝似乎沒有傳國玉璽。
其次，就算清朝有傳國玉璽，溥儀是被北洋軍脅迫退位的，要說好東西應該歸袁世凱才對。可是，民間卻廣為流傳著袁世凱找玉璽的故事。有的還結合傳說中的曹操72疑墓。（實際上，東漢崇尚簡葬，曹操自己更是薄葬的忠實擁護者，不會建什麽疑墓的）。所以，袁世凱未必有玉璽。再者，根據清朝退位優待協定，溥儀的個人財產是可以得到保護的。那麽玉璽很可能被溥儀拿走了，落到日本人手裏也不壹定，蔣未必能得的到。
即使袁世凱有玉璽，北京後來的形勢那麽復雜，蔣1929年進入北平，1937年丟掉，在這裏僅僅8年，很難說能搞到玉璽。