根鳥，生活在菊坡，壹個美麗而寧靜的村莊。他與父親相依為命，母親在很久以前神秘地出走了。
十四歲的那壹天，他獨自壹人到樹林裏打獵，這是他的第壹回，他必須證明自己已經是壹名獵人了。可是整個上午過去，他壹只麻雀也沒打著。黃昏漸近，藍如湖水的天上，飛來了壹只鷹——白色的鷹。
少年從未見過，甚至也從未聽說過鷹是白色的。那鷹不但樣子特別，而且有壹種令人震懾的高貴氣質，少年的心完全被它牽引了。可是鷹不是他的獵物，他必須繼續打獵，哪怕打到壹只小兔子也行。
天色漸暗，幾乎完全失望的少年，終於發現了壹只在巖石上蹲著的兔子。少年像壹個真正的獵人那樣瞄準了它。可白鷹再壹次如幽靈壹般從天而降，把兔子嚇跑，挑釁般地站在少年獵人的槍口前。氣急敗壞的少年扣動了扳機。
垂死的白鷹用目光把少年召喚，他來到了白鷹的身邊。在鷹的腿上有壹個布條，布條上竟然寫著字：
我叫紫煙。我到懸崖上采花，掉在了峽谷裏。也許只有這只白色的鷹，能夠把這消息告訴人們。它壹直就在我身邊呆著。現在我讓它飛上天空。我十三歲，我要回家！救救我，救救我，救救紫煙！
拿著這個布條，少年尋遍了菊坡周邊所有的村莊、城鎮和山谷，沒有人聽說有壹個名叫紫煙的女孩，也沒有壹個見過、哪怕聽說過白色的鷹。可倔犟的少年絕不放棄。身邊所有的人都在嘲笑少年的癡傻，父親也搖頭嘆息：“這孩子，死心眼！”
壹天夜裏，壹個大峽谷出現在少年的夢裏：
壹個長滿了百合花的峽谷。百合花靜靜地開放著，它們不瘋不鬧，也無鮮艷的顏色，仿佛它們開放著，也就是開放著，全無壹點別的心思。幾只白色的鷹在峽谷裏盤旋著。壹個女孩出現在壹棵銀杏樹下，她說她叫紫煙。女孩雙眼裏流出哀惋的聲音：救救我！
被夢喚醒的少年根鳥離開了菊坡。父親說：這是天意。
少年根鳥就這樣以夢為馬踏上了征程。妳或許會有些疑惑，到底是什麽力量把這個少年“喚醒”而使他踏上漫漫征程的呢？曹文軒用根鳥父親的嘴說：“天意”。這個詞在整個故事中出現了多次。這是壹種傳說式的解釋。這是被使命感喚醒之後的氣概，酬躇滿誌，也有壹絲悲壯。
征途上磨難重重。初涉人世的少年，遇到的第壹重磨難，是沒有人相信和理解。根鳥滿懷熱誠地把自己的故事講給別人聽，幾乎所有人都把他看作癡傻，只能引來嘲諷和哄笑。別有用心的人還會利用這個故事欺騙他。這個少年漸漸學會把故事深藏在自己的心底。不過少年人並不完全孤獨，他在路上遇見了為家族尋夢的中年人板金，也知道了沒有夢才是最可怕的噩夢。
還有壹重磨難是生存本身。尋夢，首先必須能夠生存。板金教會他，在必要時甚至要用乞討來生存，為了夢想，其他的壹切，只能不在意。不過少年根鳥更願意靠自己的雙手來生存。可是世界上還有壹種人，專門靠占有別人的生命而獲得生存。根鳥因為善良和太容易相信別人，被拐騙到壹個鬼谷中。那是壹場真正的生存磨難。經歷此劫後的根鳥漸漸成熟。
也有壹重磨難其實很迷人，那是安逸的現實，美麗的溫柔鄉。路經魚米之鄉的米溪時，根鳥被富庶的米店老板壹家相中，他與美麗的秋蔓兩情相悅，只要他願意留下來，甜蜜的生活觸手可及。可是夢境仍在繼續，父親在夢中再次將他掌醒。在壹個恬靜的清晨，告別了米溪，他再次毅然前行。
在所有的磨難中，最為可怕的，是妳自己的心。少年根鳥可以克服苦難，拒絕安逸，卻不能輕易擺脫心魔的糾纏。在進入壹個名叫鶯店的小城時，少年的心中變得空空蕩蕩。他開始閑逛、看戲、酗酒、賭博，癡迷於唱戲的女孩金枝。他開始恨白鷹，恨大峽谷，恨那個名叫紫煙的姑娘。他恨自己的夢，恨自己為追尋夢所做的壹切。然而逝去的壹切已不復存在。少年人自甘沈淪。
金枝和板金挽救了他。金枝對根鳥說：妳快離開吧。我覺得那個大峽谷也許真是有的。板金在臨終前告訴根鳥，雖然自己沒能找到夢，但自己的兒子還會繼續去尋找的。
終於有壹天，壹群白鷹將騎著白馬的少年引進了壹個開滿百合花的大峽谷：
當無數只白鷹在長空下優美無比地盤旋時，久久地仰望著它們的根鳥，突然兩眼壹陣發黑，從馬上滾落到百合花的花叢裏。
當山風將根鳥吹醒時，他看到那些白色的鷹仍在空中飛翔著。他讓整個身體伏在地上，將臉埋在百合花叢中，號啕大哭……
“眾裏尋他千百度，驀然回首，那人卻在，燈火闌珊處。”——只有飽經磨難後，才能體會這壹剎那的百感交集。
《根鳥》的故事，是講給少年人聽的成長故事，也是講給每壹個大人聽的。真正好的成長故事，並不特別屬於某壹個時代，它屬於所有的時代。