審計軟件不僅填補了審計過程中計算機監控的空白。作為審計人員，必須認識到審計軟件不是萬能的，不能解決所有問題；
即使是最科學、最先進的審計軟件，要想用好也需要用戶具備很強的綜合素質，紮實的基本功是開展計算機審計的根本前提。
該局的實踐表明，積極運用審計軟件開展計算機輔助審計，綜合運用其他審計手段，促進審計力量、案件質量和隊伍建設，是新形勢下的新思路。
開發和應用審計軟件的背景和動機；
隨著網絡和信息技術的廣泛應用，會計電算化發展迅速。稅務稽查面臨新的挑戰。在近幾年的日常工作中，稽查人員經常感受到會計電算化對傳統手工稽查模式的強烈沖擊。從以往相關案例的實際操作過程來看，會計電算化企業的檢查往往面臨以下問題:
首先，稽查人員很難判斷會計的邏輯性和真實性。很多財務軟件允許設置多個賬套，賬套之間可以傳遞數據，憑證賬和賬簿可以再次篩選過濾，這就為企業設置AB賬、編制虛假財務報表提供了可能。系統的超級管理員也可以直接進入任何壹個環節進行篡改，會計信息失去了傳統的不變性。其次，金融數據存儲方式靈活，易於轉移和銷毀。
電子賬套可以存儲在本地硬盤上，也可以通過網絡存儲在其他硬盤、磁帶、光盤上。再次，檢查人員獲取企業財務軟件基礎信息的渠道過於狹窄。雖然《稅收征管法實施細則》第二十四條規定“納稅人使用計算機記賬的，應當在使用前將會計電算化系統的會計軟件、操作說明和有關資料報送主管稅務機關備案”，但由於沒有相應的運行環境和人員配備，稅務機關往往無法試行。
目前看來，有以下幾類困擾。
1/假發票，特別是用真票套打印的非網上發票，查起來費時費力；
2/實體公司利用電商銷售，取證相當困難，尤其是這個寶的網上支付工具；
3.無形資產交易，以及壹些文物、古董、珠寶玉石的交易，在定價方面需要找第三方提供鑒定評估；
4/民營企業，股東個人支出，沒有特別準確的方法界定是否與企業經營有關；
5/資本交易，因為涉及資產評估，所以特別耗時；
6利用跨地區甚至跨國訴訟轉移利潤或擡高成本作為補償。
由於專業和法律原因，有些手段無法詳細闡述。