水下考古的方法如下：
水下考古須在平潮期進行作業，因為漲退潮時水流急容易把人沖走，所以考古隊員們每天最多趕兩段平潮期下潛。為延長水下作業時間，采取高氧、雙瓶潛水技術，將每次水下作業時間提升至30分鐘左右，兩人壹組，小組接力分批次下水作業。隊員們通常壹整天都漂在海上，吃飯、休息都在船上。
考古隊員下水作業時，需要身穿潛水服，背負80多斤重的高氧氣瓶，佩戴潛水表進行計時和水下定位，攜帶水下攝影機、防水繪圖紙、深水高亮手電等工具，借助新型設備對沈船進行高精度測繪。另外，水下考古有很多器材是考古隊自制的，比如改造小型水下吹泥設備，對文物表面的淤泥進行水下清理。
元代沈船考古
這艘元代沈船經過700多年沈積，已深陷淤泥當中，這對還原全貌和提取文物造成較大困難。首先，需要把沈船四周的淤泥清理幹凈，在洋流影響下，挖掘工作須分步驟進行，並隨時拍攝和繪圖記錄。再者，水下文物比較脆弱，不能直接打撈上來，此次使用環氧樹脂和碳纖維布結合的新型材料，對水下文物和周圍環境進行打包提取。
由於這些文物經過海水數百年浸泡，被海水中的各種鹽分侵蝕，所以文物出水後第壹時間要進行“脫鹽”處理，否則瓷器釉面會崩壞。首先要將文物放在脫鹽池中清洗，去除表面鹽分，再通過脫鹽溶液或者新型脫鹽循環水池等提高脫鹽效率，直到內部鹽分近乎全部析出。脫鹽結束後，這些文物將交給有關部門妥善保管。