《永樂大典》自編後，收藏於南京文遠館。
至今600多年過去了，世界上所有的《永樂大典》也不過800卷、400卷左右。
這個數字還不到原書的4%，那麽剩下的96%是怎麽丟失的呢？
由於永樂大典藏於深宮禁地，明代史書中很少記載，永樂大典的下落成了壹個謎。
但在史記零星的介紹中，我們大概可以梳理出這樣壹個過程。永樂十九年，北京紫禁城落成，永樂皇帝遷都於此。
此時，《永樂大典》手稿仍藏於南京文遠館，毀於明中葉的壹場宮廷火災。真跡被永樂皇帝帶到北京，藏在宮中的趙文閣。
弘治皇帝在位時，曾請教永樂大典。嘉靖三十六年，宮中失火，紫禁城三大殿被燒毀，永樂大典也危在旦夕。
據史料記載，永樂大典是嘉靖皇帝“超愛”的珍品。自登基以來，他壹直把它視為必不可少的參考經典，經常在朝廷上引用。
這壹把火，嘉靖沖到文樓，搶過“大典”，壹晚上下了三四次命令，可見“大典”在他心中的分量。當時嘉靖皇帝有意“重錄壹份，存放他處，以策安全”。
嘉靖十壹年秋，抄寫工作開始，歷時六年，於隆慶元年完成。這樣，《永樂大典》就有了主要部分和輔助部分兩個部分。然而明朝滅亡後，原來的“大典”神秘消失了。
清朝康熙年間，為了編纂《四庫全書》，朝廷下大力氣尋找《永樂大典》，終於找到了蹤跡，但此時已有1，000余冊失傳。
道光以後，永樂大典被視為無用之物，壹些官員趁機竊取。清朝官員偷的書，後人賣給外國人或古董商。就這樣，“永樂大典”大量流向民間。
光緒二十六年，八國聯軍入侵北京，他在那裏燒殺搶掠，無惡不作。國子監也成了戰場，兵火肆虐。這次災難之後，永樂大典徹底失傳，只有幾百本流散在世界各地，國內只剩下60多本。
近代戰爭中，為了躲避戰亂，60多卷《永樂大典》被多次轉移。
其中壹部分，曾由美國國會圖書館保管，於1965年運往中國臺灣省，現藏於中國臺北故宮博物院。《永樂大典》中未運往美國的部分，抗戰勝利後運回北京。
新中國成立後，壹些擁有大典殘跡的個人紛紛捐贈。加上蘇聯國家圖書館歸還的52冊和德意誌民主共和國歸還的3冊，中國國家圖書館的《永樂大典》藏書已達221冊，為世界之最。
時至今日，原來的永樂大典並沒有消失，但人們還是抱有最大的希望，希望原來的永樂大典不要在大火中焚毀，而是藏在壹個隱秘的地方，等待後人去尋找。