學校位於著名航海家鄭和七下西洋的發祥地——鐘靈南京古城，設有江寧、秦淮、板橋三個校區，總占地面積1.360畝。江寧校區位於風景秀麗的方山腳下，江寧大學城核心區，毗鄰中國藥科大學、南廣學院等名校，享有多重教育資源。
秦淮校區位於南京繁華的商業區，交通便利，商戶眾多。建成了江蘇省高職院校中為數不多的集教育、科研、技術轉移、創業孵化為壹體的省級大學科技園。板橋校區主任蔣誌斌擁有全國海航高校唯壹的專用實習船碼頭和靠泊實習船。
學校是海軍、海警定向培養士官試點院校，教育部首批示範性職業教育集團(聯盟)培養單位，現代學徒制試點院校，1+X證書制度試點院校，江蘇省1+X證書制度試點工作航空運輸合作組牽頭單位，江蘇省高職院校內部質量保證體系診斷與改進試點院校。