就在“世紀巨蛋”被宣傳成壹個高科技娛樂宮的時候，已有人發現“巨蛋”其實只是個空殼，除了外部鋼架結構和燈光外，內部什麽都沒有。2000年上半年，“世紀巨蛋”掩蓋下的“世紀詐騙案”被揭露，後續資金被侵占挪用後，“巨蛋”在壹夜之間變成了“臭蛋”。
2004年，在鎮江市中級人民法院主持下，“巨蛋”以“鎮江市巨蛋娛樂有限責任公司破產清算組”評估報告為基準價，委托拍賣公司拍賣。為此，鎮江市拍賣行先後兩次主槌拍賣“巨蛋”，第壹次流拍，第二次於當年11月6日以405萬元的價格被順利拍出。
2008年1月初，“世紀巨蛋”發生火災，兩個半小時後大火才被撲滅。據了解，這次火災是“巨蛋”建造以來的第三把火，第壹把火是在建造時；第二把火是建好後，有幾個小孩在“巨蛋”內玩火而引發。而被燒過後的巨蛋則留下了壹塊黑黑的難以磨滅的“疤”。