1.內容不同:沈陽故宮南院是清代皇宮，也是中國現存規模最大、保存最完整的古代木結構建築之壹，展現了清代皇宮的建築風格、宮廷文化和歷史變遷。沈陽故宮北院是明代建造的宮殿，也是我國現存最早的宮殿建築之壹，展現了明代宮殿建築的特點、歷史和文化。
2.歷史背景不同:沈陽故宮北院還有壹個專題展覽，是關於遼金元歷史文化的，而沈陽故宮北院沒有關於遼金元歷史文化的展覽。