保護範圍:城市及城墻外50米。禁止取土、挖坑、埋坑、建房。公元1558年，黃河在山東曹西安縣和單縣決口，分流了多達十壹條溪流。其中，東北的壹條支流經過夾口單縣段，分為大柳溝、小柳溝、秦溝、卓溝、胭脂溝，全部匯入沛縣境內的運河。魚臺縣與沛縣之間，南四十裏的泗河淤積。公元1565年，黃河在豐、沛縣再次泛濫，分為南北兩支，南支繞沛縣，在秦溝至徐州匯集。北支繞行豐縣華山東北，從三岔堂出非雲橋，分十三支，入泗河。為保證南北水運暢通，明代於1566年在泗河以東30華裏開鑿了壹條長140華裏的新南陽河。即從魚臺南陽閘引水，經下鎮(今山東省巍山縣)至沛縣柳城(今江蘇省沛縣東南，與銅山縣接壤)，再與四合舊路相連。公元1603年，黃河在單縣、曹縣決口，流入昭陽湖橫水道。水運進壹步瀕危，明朝統治者不得不下決心開黃河避之。從1640開始，在主河李華龍的主持下，從下鎮李家口引水，經湖口、臺兒莊、黃河(泗河故道)至邳州南直河口(今宿遷早河口以西)。新挖掘的運河(也被稱為巨型運河)有260英裏長。
公元1623年至1624年，黃河危及支河口，打開了薊河。支河口以北的馬家口改道至宿遷市東南的陳家口，進入黃河。明朝崇禎末年，由宿遷城西二十裏的董家口改為黃河。清康熙初年，董家口被黃河淤塞。公元1679年，首席河長金夫采納了黃晨的建議，在董家口以西20裏的早河口開河築堤，將南北與運河、黃河連接起來。由於皂河口經常被淹，在公元1681年，花了20多裏的河水向東流至張莊(又稱支河口)，使清水在張莊進入黃河。公元1687年，金夫從張莊雲口經羅馬湖口開河，從宿遷、泗陽至淮陰鐘家莊入黃河。公元1699年，首席河長於成龍認為泗陽-淮陰段中遊南岸地勢較低，難以築堤。他棄中遊下段，擇新河六十裏，以舊河北大堤為南堤，重建北纖堤，命名為新中遊。由於新河淺窄，盛家渡河道彎曲，交通不暢。公元1700年，在三義壩築堤，將舊河的上段和新河的下段截斷，形成壹條河。至此，宿遷張莊雲口至淮陰縣西黃河口* * *河段長約157裏。公元1703年，中和的運輸口岸改為中莊下遊10裏的楊家莊。
此後，明清時期對泗河水道進行了整治。除黃河、淮河、運河交匯處外，運河與黃河完全隔絕，結束了黃河運輸的歷史。
伊河原流入今遂寧古邳鎮泗河。這條運河切斷了伊河與泗河的聯系。伊河被迫停滯在羅馬湖周圍的窪地裏。由於加拿大運河與羅馬湖僅壹堤之隔，且堤上建有堤壩，每到汛期，羅馬湖水位急劇上漲，加拿大運河與羅馬湖之間的堤壩隨時有決堤的危險。為了保護雲島和宿遷城，明朝崇禎末年，開鑿了馬嶺山麓，開了馬和河(又名六塘河)，引水到東邊的朔香湖。朔望湖淤塞後，於公元1685年在朔望湖北部開挖南、北流塘河，張武河、龍溝河分別排入沭陽錢家集關河(又名潮潮河)，再向東流入大海。
明末清初，沭河在宿遷至泗陽之間的黃河北岸修建了徐盛、崔振、故城、劉老澗、溫州寺等堤壩，以保證水運，將黃河洪水分流至東北。沭河被剿滅，在沭陽分成五份:壹份從連河入海；壹股入桑徐湖；另外三股流入碩香湖。因為黃河北岸將黃河分割在宿遷和泗陽之間，桑徐湖和碩湘湖淤塞，沭河無法入湖。同時，漣源河出海口全部淤塞，漣源河束河支流無路可走。沭河不得不轉向東北，經羅斯河進入林鴻，在臨虹口入海。
何穗河最初註入宿遷小河口(遂口)的泗河。明末黃河壹級，泗河故道淤塞嚴重，宿遷小河口淤塞，何穗河在白洋河口南改道入黃河。明朝萬歷年間，潘繼勛在治理黃河時，並沒有在小河口和白洋澱河口之間修築黃河大堤，而是在歸仁集和白洋澱河口之間修築了壹條東西向的十字大堤，以迫使水進入黃河。同時，貴人地與黃河之間的三角地帶作為黃河和何穗河的滯洪區。天啟、崇禎年間，何穗河完全淤積在蒙山湖下，由蒙山前經南大集、荀溝集、祠堂湖、綏寧縣白洋河入海口匯入黃河。公元1685年，黃河在睢寧縣鳳山關泛濫。何穗河被蒙山湖下面的泥沙淤積成了平地。次年，白河河口被黃河淹沒，歸仁大堤決口。康熙中期，在大歷集南部，從蒙山湖東南方向開辟了壹條新路，經過四山集、五崖嶺，沿歸仁堤進入黃河。乾隆中期，黃河河床不斷淤積，回水無法註入黃河，分成兩股，壹股從謝家溝進入洪澤湖；另壹條經烏鴉嶺出貴人門，從安和河入洪澤湖。鹹豐年間，烏鴉嶺安河斷流，回水全部從謝家溝進入洪澤湖。