明朝末年，南京鼓樓只留下了城磚砌成的臺基，而主樓的上下層都被摧毀，明初樓宇和器物早已無存，僅下部的臺座和臺坪上的石柱基礎留存了下來。
此後至清康熙朝以前的江寧的城市地圖上，不但明確地標註了鼓樓的位置，而且還都清楚地畫出了鐘樓的位置。
1684年，清康熙皇帝為根治黃河、了解民情、整頓吏制到南京巡視時，曾登臨鼓樓城闕，他放眼鳥瞰南京古城，壹時感慨萬千，於是就在樓上訓示地方官員，告誡他們要清廉職守，奉公守法，懲治腐敗。
次年，兩江總督王新就命人在此建碑，將康熙皇帝的“聖諭”刻成了“聖諭碑”，也稱“戒碑”，碑高兩丈余，承以龜趺。立於鼓樓臺基座正中。
為保護聖諭碑，清朝當時重建了壹座三開間的木制鼓樓，規模比明代的鼓樓要小得多，也簡陋得多。
這次鼓樓重建，除了有禦碑，還有龍鳳亭，因而鼓樓也由此更名為“碑樓”，或"暢觀樓"，同時它還有“誡碑樓”與“碑亭”的別稱，有“明鼓清碑”之美稱。但當時的南京民眾則仍然習慣性地稱之為“鼓樓”，“戒碑”則是南京遺存下來的最完好的壹座古代石碑。
後來，康熙皇帝曾下令擴建南京鐘鼓樓樓宇，三層總面積約在15000平方米。在清乾隆年間，乾隆皇帝曾經7次下江南，其中3次都專程去了到大鐘亭，並親自提筆禦書“三姑殿”3個大字匾額，命人懸掛於大鐘亭內的門頭上。
在晚清時，清朝維修改建南京鐘鼓樓，改建的鼓樓中為大殿，周邊有柱礎回廊。大殿為兩層，屋頂為歇山頂重檐四落水木結構。重檐翹角下雕有鳳立於花叢山石上、雙獅戲球等吉祥物和套疊彩繪圖案。
在鼓樓的頂層上，有壹座擺放在玻璃罩中的龍鳳塔，是清慈禧太後60歲大壽時，地方官員所送禮物。
“龍鳳塔”又稱“龍鳳亭”，安放在康熙南巡“戒碑”兩邊的壹對龍鳳亭，交相輝映，古樸典雅，供遊人觀賞。龍鳳亭高4米、圓3.5米，外觀呈塔形。龍鳳亭為六角七級二層結構，外鍍金鉑，金光熠熠。
龍鳳亭各級都有極精細雕刻的人物或植物、動物畫，金光閃爍。從下至上有人物，皆為武士出征，三國故事人物等；有花鳥，葵花、天竹、青松、芭蕉、萬年青等。二層隔離刻有六大騎士，六根亭支架上，鳳上龍下，六龍抱柱，六鳳呈祥；亭子上部由飛鶴、荷花蓋頂。整個龍鳳亭，呈現出壹幅幅優美圖畫，造型緊湊協調，生動精美，其雕刻工藝極為精湛，為世人所稱贊，具有極高的觀賞價值。
清光緒年間，清朝在南京鼓樓東北側新建了鐵梁鐵柱的六角大鐘亭，在清初墜落的大鐘，被江寧布政使許振祎懸掛在了大鐘亭內。傳說，自大鐘懸掛到鐘亭梁上之後，聲音更加洪亮了。
鐘鼓樓積澱厚重的歷史文化。在南京鐘鼓樓內，就有壹副久負盛名的對聯：鐘鼓樓中，終夜鐘聲撞不斷；金科場內，今日金榜才題名。